167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3402 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3402  cell wall hydrolase/autolysin  100 
 
 
347 aa  694    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4010  cell wall hydrolase/autolysin  45.8 
 
 
254 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.864975  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1286  cell wall hydrolase/autolysin  44.02 
 
 
245 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5529  cell wall hydrolase/autolysin  41.63 
 
 
246 aa  172  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4905  cell wall hydrolase/autolysin  39.82 
 
 
251 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0385715  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4994  cell wall hydrolase/autolysin  39.82 
 
 
251 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5273  cell wall hydrolase/autolysin  39.82 
 
 
251 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.467188  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13749  hypothetical protein  37.25 
 
 
241 aa  159  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.369485 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2975  cell wall hydrolase/autolysin  43.11 
 
 
463 aa  159  8e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1357  cell wall hydrolase/autolysin  39.41 
 
 
286 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.414025  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4160  cell wall hydrolase/autolysin  38.1 
 
 
259 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00486305  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0290  cell wall hydrolase/autolysin  37.89 
 
 
283 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2753  cell wall hydrolase/autolysin  36.94 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.984252  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4394  cell wall hydrolase/autolysin  37.5 
 
 
296 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0671  cell wall hydrolase/autolysin  36.04 
 
 
320 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5160  cell wall hydrolase/autolysin  37.5 
 
 
291 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0130951 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3352  cell wall hydrolase/autolysin  36.56 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.939997 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9001  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like protein  31.85 
 
 
283 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.257312  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1163  cell wall hydrolase/autolysin  37.56 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.914132  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0477  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.7 
 
 
377 aa  70.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0068  cell wall hydrolase/autolysin  27.27 
 
 
560 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4053  cell wall hydrolase/autolysin  26.32 
 
 
585 aa  68.2  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.630004  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2268  cell wall hydrolase/autolysin  27.53 
 
 
585 aa  67.8  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1398  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  26.48 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.373553  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3223  cell wall hydrolase/autolysin  25.99 
 
 
257 aa  67  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0071  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.62 
 
 
238 aa  67  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000157753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0111  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.9 
 
 
297 aa  67  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0171096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4521  cell wall hydrolase/autolysin  27.43 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2296  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.58 
 
 
249 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0113  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  29.09 
 
 
319 aa  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3187  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.51 
 
 
474 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0462523  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1807  cell wall hydrolase/autolysin  25 
 
 
268 aa  65.1  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3067  cell wall hydrolase/autolysin  24.8 
 
 
591 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3053  cell wall hydrolase/autolysin  24.8 
 
 
591 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0425538  normal  0.806567 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0434  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.47 
 
 
317 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.57 
 
 
746 aa  64.3  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.89 
 
 
317 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.344171  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1825  cell wall hydrolase/autolysin  26.32 
 
 
590 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0232  cell wall hydrolase/autolysin  26.64 
 
 
641 aa  62.8  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.416726  normal  0.560186 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3626  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.55 
 
 
476 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000133632  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2221  protein of unknown function DUF187  28.76 
 
 
997 aa  61.6  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.155376  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1077  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.8 
 
 
657 aa  61.6  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0200962 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0322  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD  24.01 
 
 
246 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0112348  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2324  cell wall hydrolase/autolysin  27.34 
 
 
538 aa  59.7  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000122542  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0926  cell wall hydrolase/autolysin  23.32 
 
 
219 aa  59.7  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2909  cell wall hydrolase/autolysin  24.4 
 
 
227 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2258  cell wall hydrolase/autolysin  26.43 
 
 
876 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000147959  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2890  cell wall hydrolase/autolysin  24.48 
 
 
262 aa  57  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00534864  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0859  cell wall hydrolase/autolysin  27.6 
 
 
231 aa  57  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.751216 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0126  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.88 
 
 
907 aa  57  0.0000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.861357  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3265  cell wall hydrolase/autolysin  24.39 
 
 
556 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0616  cell wall hydrolase/autolysin  25.35 
 
 
361 aa  56.6  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1064  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25 
 
 
190 aa  56.2  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000172144  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3345  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.83 
 
 
448 aa  56.2  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1578  cell wall hydrolase/autolysin  25.37 
 
 
240 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.36346  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10331  cell wall hydrolase/autolysin  25.69 
 
 
362 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.374691  normal  0.548996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0814  cell wall hydrolase/autolysin  27.41 
 
 
255 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.56957 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2053  cell wall hydrolase/autolysin  30.13 
 
 
1805 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0944143  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0517  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.89 
 
 
657 aa  55.5  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000337238  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1804  cell wall hydrolase/autolysin  24.9 
 
 
240 aa  55.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.052646  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0864  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.05 
 
 
476 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.721049  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4275  cell wall hydrolase/autolysin  27.41 
 
 
253 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0618  cell wall hydrolase/autolysin  27.57 
 
 
451 aa  54.3  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000253724  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2678  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.21 
 
 
257 aa  54.7  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0263971  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4802  cell wall hydrolase/autolysin  27.41 
 
 
253 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1037  cell wall hydrolase/autolysin  25.48 
 
 
282 aa  53.9  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000520561  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4484  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.12 
 
 
543 aa  53.5  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000290327  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3471  cell wall hydrolase/autolysin  27.41 
 
 
253 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4895  cell wall hydrolase/autolysin  27.41 
 
 
253 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1465  cell wall hydrolase/autolysin  25 
 
 
627 aa  52.8  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000155726  normal  0.0455493 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0714  cell wall hydrolase/autolysin  25.11 
 
 
568 aa  52.8  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000891382  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2360  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.38 
 
 
344 aa  52  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.26107  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2674  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.43 
 
 
860 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000467202  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0265  cell wall hydrolase/autolysin  24.89 
 
 
271 aa  52  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2693  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.81 
 
 
616 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17431  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5391  cell wall hydrolase/autolysin  26.9 
 
 
253 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1798  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.46 
 
 
623 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2031  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.56 
 
 
359 aa  50.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06721  cell wall hydrolase/autolysin  25 
 
 
361 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.347132  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3748  cell wall hydrolase/autolysin  24.53 
 
 
237 aa  50.8  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3732  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.89 
 
 
338 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000534753  normal  0.117524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3645  cell wall hydrolase/autolysin  24.79 
 
 
332 aa  50.8  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1272  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.04 
 
 
242 aa  50.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000305091 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06811  cell wall hydrolase/autolysin  26.85 
 
 
364 aa  50.4  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.197381  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0140  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD  23.08 
 
 
237 aa  50.4  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000409783  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2134  cell wall hydrolase/autolysin  25.56 
 
 
349 aa  50.1  0.00006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.373316  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3678  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.44 
 
 
338 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1509  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.46 
 
 
751 aa  49.3  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0136849  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1162  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  22.85 
 
 
233 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.820741  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0213  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.19 
 
 
257 aa  48.9  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00242661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5099  cell wall hydrolase/autolysin  30.62 
 
 
387 aa  48.5  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000380245 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1374  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.7 
 
 
529 aa  48.9  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.736006  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2816  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  24.83 
 
 
289 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474935  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9044  cell wall hydrolase/autolysin  29.22 
 
 
381 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.683287 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1534  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24 
 
 
562 aa  48.5  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0577934  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0168  germination-specific N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.08 
 
 
237 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2644  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  24.83 
 
 
289 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2710  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  24.83 
 
 
289 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2686  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  24.83 
 
 
289 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.148048  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2595  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  24.83 
 
 
289 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>