More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCC13826_0229 on replicon NC_009802
Organism: Campylobacter concisus 13826



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 262 aa  528  1e-149  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  64.5 
 
 		 262 aa  359  2e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  58.08 
 
 		 261 aa  295  4e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  56.98 
 
 		 262 aa  288  7e-77  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  54.58 
 
 		 262 aa  267  1e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  54.2 
 
 		 262 aa  266  2e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  54.55 
 
 		 262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  51.33 
 
 		 263 aa  265  5e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  53.96 
 
 		 261 aa  256  2e-67  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  46.01 
 
 		 263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 277 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 		 277 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.37 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 275 aa  135  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 277 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.75 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 278 aa  132  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  33.09 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  33.09 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 273 aa  132  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 271 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 277 aa  131  9e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 308 aa  131  9e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.58 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 272 aa  129  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  31.95 
 
 		 265 aa  128  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 272 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 277 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  32.36 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  38.06 
 
 		 274 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.85 
 
 		 288 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 278 aa  125  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.73 
 
 		 294 aa  123  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  30.66 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 288 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 272 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 275 aa  121  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.52 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 360 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 268 aa  118  7.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 268 aa  118  7.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.06 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 286 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.36 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  29.54 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 275 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 269 aa  115  5e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  31.62 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  28.12 
 
 		 271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 285 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.38 
 
 		 279 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.41 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>