More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0147 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  100 
 
 		 316 aa  634    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  54.34 
 
 		 323 aa  309  5e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  54.11 
 
 		 323 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50 
 
 		 317 aa  296  4e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.14 
 
 		 319 aa  250  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  44.19 
 
 		 318 aa  232  6e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.16 
 
 		 321 aa  228  8e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.57 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.12 
 
 		 337 aa  186  5e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.64 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.85 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.12 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.22 
 
 		 324 aa  145  6e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  33.77 
 
 		 333 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.12 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.58 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.98 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.29 
 
 		 328 aa  139  7.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.63 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  32.8 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.8 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.77 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.68 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.87 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.33 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 318 aa  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.38 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.88 
 
 		 327 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.71 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 332 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 332 aa  124  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.76 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.79 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.22 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  32 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.88 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.27 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.55 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.97 
 
 		 313 aa  119  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.48 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.11 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  37.33 
 
 		 238 aa  117  3e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  29.49 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  36.16 
 
 		 228 aa  116  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.33 
 
 		 335 aa  116  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.65 
 
 		 327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  29.36 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  29.03 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  29.36 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.72 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.91 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.28 
 
 		 337 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.24 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.75 
 
 		 235 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.56 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30.94 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.95 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 		 334 aa  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.25 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.75 
 
 		 320 aa  105  8e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.06 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.21 
 
 		 233 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.37 
 
 		 319 aa  104  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.77 
 
 		 334 aa  103  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.01 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  31.51 
 
 		 230 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  31.51 
 
 		 230 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  31.51 
 
 		 230 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.23 
 
 		 230 aa  103  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.49 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.94 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.28 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  30.09 
 
 		 233 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.29 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.94 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.14 
 
 		 324 aa  99.4  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  30.49 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  34.98 
 
 		 237 aa  99  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.43 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.24 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.82 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  35 
 
 		 234 aa  96.7  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.28 
 
 		 230 aa  96.3  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.04 
 
 		 325 aa  96.3  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.8 
 
 		 323 aa  95.9  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.94 
 
 		 237 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 230 aa  95.1  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>