More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmul_5975 on replicon NC_010087
Organism: Burkholderia multivorans ATCC 17616



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010087  Bmul_5975  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
625 aa  1209    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0317255 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5892  RpoD family RNA polymerase sigma factor  67.79 
 
 
621 aa  756    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6159  RNA polymerase, sigma 28 subunit  68.87 
 
 
617 aa  770    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5152  RpoD family RNA polymerase sigma factor  52.81 
 
 
627 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3239  RNA polymerase, sigma 28 subunit  52.56 
 
 
628 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0142824  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5129  RNA polymerase, sigma 28 subunit  52.56 
 
 
628 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.82 
 
 
801 aa  353  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.5 
 
 
797 aa  350  4e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.52 
 
 
781 aa  349  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  33.87 
 
 
784 aa  346  8.999999999999999e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.33 
 
 
808 aa  345  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.82 
 
 
821 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.82 
 
 
829 aa  343  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.17 
 
 
754 aa  343  7e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.31 
 
 
635 aa  343  8e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.57 
 
 
855 aa  342  8e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  32.85 
 
 
783 aa  341  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.02 
 
 
707 aa  339  9.999999999999999e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  33.23 
 
 
746 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.23 
 
 
736 aa  337  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.01 
 
 
754 aa  335  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  36.58 
 
 
647 aa  334  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  36.1 
 
 
624 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.57 
 
 
680 aa  332  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.57 
 
 
681 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  34.42 
 
 
644 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.54 
 
 
680 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.54 
 
 
680 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.7 
 
 
736 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.44 
 
 
666 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.54 
 
 
736 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.54 
 
 
736 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.54 
 
 
680 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.15 
 
 
657 aa  327  4.0000000000000003e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.54 
 
 
800 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  37.21 
 
 
665 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.63 
 
 
665 aa  325  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  34.82 
 
 
656 aa  324  3e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  36.23 
 
 
677 aa  323  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  35.23 
 
 
594 aa  322  9.000000000000001e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  32.4 
 
 
698 aa  317  3e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.4 
 
 
698 aa  317  3e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.7 
 
 
678 aa  317  6e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.05 
 
 
612 aa  316  7e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.8 
 
 
900 aa  313  3.9999999999999997e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  33.88 
 
 
614 aa  306  6e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  32.25 
 
 
621 aa  305  2.0000000000000002e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  32.25 
 
 
621 aa  304  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.23 
 
 
610 aa  304  3.0000000000000004e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.55 
 
 
665 aa  304  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.65 
 
 
666 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
602 aa  303  9e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.54 
 
 
656 aa  303  9e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.19 
 
 
623 aa  302  1e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.03 
 
 
623 aa  300  5e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  32.53 
 
 
616 aa  300  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.77 
 
 
598 aa  299  9e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.63 
 
 
617 aa  299  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.51 
 
 
647 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0394  sigma 70 (RpoD)  34.76 
 
 
628 aa  298  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339768  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.85 
 
 
616 aa  298  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.53 
 
 
619 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.56 
 
 
650 aa  296  6e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.36 
 
 
617 aa  296  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  33.39 
 
 
697 aa  296  8e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  32.32 
 
 
617 aa  296  8e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.9 
 
 
615 aa  296  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.9 
 
 
615 aa  296  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.9 
 
 
615 aa  296  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.9 
 
 
615 aa  296  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.9 
 
 
615 aa  296  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  33.22 
 
 
599 aa  295  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.79 
 
 
613 aa  295  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.79 
 
 
613 aa  295  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.79 
 
 
613 aa  295  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.79 
 
 
613 aa  295  2e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.62 
 
 
613 aa  294  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.31 
 
 
611 aa  294  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.47 
 
 
612 aa  294  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.47 
 
 
612 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.47 
 
 
612 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  32.62 
 
 
613 aa  293  5e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.62 
 
 
613 aa  293  5e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.62 
 
 
613 aa  293  5e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  32.62 
 
 
613 aa  293  5e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.28 
 
 
631 aa  293  5e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.02 
 
 
718 aa  293  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.28 
 
 
681 aa  293  8e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.87 
 
 
624 aa  293  9e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.98 
 
 
667 aa  292  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.83 
 
 
638 aa  292  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.02 
 
 
666 aa  292  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  29.98 
 
 
649 aa  291  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.78 
 
 
612 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.51 
 
 
611 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.5 
 
 
620 aa  291  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.57 
 
 
685 aa  291  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.13 
 
 
595 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  30.83 
 
 
668 aa  290  6e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.85 
 
 
620 aa  290  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>