More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_6539 on replicon NC_010512
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  95.96 
 
 		 297 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  95.96 
 
 		 297 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  89.15 
 
 		 301 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  78.5 
 
 		 292 aa  473  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  76.79 
 
 		 299 aa  472  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 299 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  74.4 
 
 		 298 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  77.44 
 
 		 299 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  72.51 
 
 		 295 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4916  LysR family transcriptional regulator  71.17 
 
 		 283 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 302 aa  351  7e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.67 
 
 		 328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  44.75 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  45.15 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 299 aa  222  8e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 315 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 315 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  43.81 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  41.61 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  43.13 
 
 		 317 aa  209  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 317 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 310 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.9 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 326 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  38.05 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.25 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  41.09 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 329 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.94 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>