More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7572 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 382 aa  756    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  79.89 
 
 		 381 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  81.48 
 
 		 382 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  82.37 
 
 		 382 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  82.37 
 
 		 382 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  78.04 
 
 		 383 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  78.31 
 
 		 383 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  64.74 
 
 		 594 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  62.7 
 
 		 375 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  60.42 
 
 		 378 aa  425  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  60.42 
 
 		 378 aa  425  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  61.29 
 
 		 370 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  59.08 
 
 		 380 aa  421  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 371 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 376 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  59.02 
 
 		 376 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  57.59 
 
 		 378 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  59.67 
 
 		 367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.97 
 
 		 604 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.7 
 
 		 579 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  59.51 
 
 		 615 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  57.34 
 
 		 381 aa  396  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.88 
 
 		 593 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  59.29 
 
 		 372 aa  396  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  60.59 
 
 		 579 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  60.42 
 
 		 379 aa  381  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  57.18 
 
 		 370 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  56.91 
 
 		 370 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  56.64 
 
 		 370 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  57.03 
 
 		 370 aa  381  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  56.91 
 
 		 383 aa  380  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  55.19 
 
 		 385 aa  361  9e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  54.92 
 
 		 368 aa  360  2e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  53.1 
 
 		 369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  51.87 
 
 		 377 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  54.2 
 
 		 369 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  53.99 
 
 		 369 aa  338  9.999999999999999e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  50.81 
 
 		 591 aa  330  2e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  50.27 
 
 		 367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.88 
 
 		 361 aa  299  6e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  48.36 
 
 		 364 aa  298  8e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 362 aa  296  4e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  47.54 
 
 		 370 aa  296  5e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.5 
 
 		 364 aa  296  5e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.5 
 
 		 364 aa  296  5e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  47.49 
 
 		 366 aa  295  9e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  46.54 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  44.35 
 
 		 358 aa  291  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  48.64 
 
 		 552 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 369 aa  288  1e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 364 aa  288  1e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 388 aa  288  2e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  47.65 
 
 		 374 aa  286  4e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  48.61 
 
 		 359 aa  286  5.999999999999999e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.45 
 
 		 368 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  44.01 
 
 		 359 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  49.47 
 
 		 370 aa  282  5.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 359 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  48.63 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 358 aa  279  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  47.47 
 
 		 359 aa  279  6e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  46.65 
 
 		 368 aa  279  7e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 358 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  44.63 
 
 		 359 aa  279  8e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 358 aa  278  9e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 373 aa  278  9e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 368 aa  277  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 358 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 358 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  42.39 
 
 		 364 aa  277  2e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  44.63 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  43.53 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 358 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  44.63 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  46.61 
 
 		 367 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  47.11 
 
 		 359 aa  276  6e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  45.9 
 
 		 376 aa  275  8e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  43.41 
 
 		 354 aa  275  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.84 
 
 		 361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5008  3-dehydroquinate synthase  43.44 
 
 		 363 aa  275  1.0000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  45.89 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  43.5 
 
 		 358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  46.47 
 
 		 367 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  47.22 
 
 		 361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  46.88 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  47.08 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  43.1 
 
 		 366 aa  274  2.0000000000000002e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  47.08 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  46.8 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  45.09 
 
 		 362 aa  273  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 361 aa  273  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 368 aa  272  6e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 369 aa  272  8.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  43.67 
 
 		 365 aa  272  8.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  45.87 
 
 		 370 aa  272  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>