More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2681 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  100 
 
 
253 aa  501  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 
264 aa  260  1e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
260 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
260 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  58.23 
 
 
257 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
264 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
253 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
261 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.41 
 
 
255 aa  234  7e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.06 
 
 
254 aa  231  9e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
254 aa  229  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
266 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
244 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
257 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  51.81 
 
 
257 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
267 aa  218  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.94 
 
 
249 aa  210  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
245 aa  207  9e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.7 
 
 
249 aa  205  7e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
252 aa  181  8.000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.52 
 
 
253 aa  157  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
257 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
257 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
257 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.29 
 
 
285 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.16 
 
 
253 aa  149  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3283  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.4 
 
 
277 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.11 
 
 
258 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
252 aa  142  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.16 
 
 
258 aa  141  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.68 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.8 
 
 
261 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.47 
 
 
262 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.18 
 
 
257 aa  137  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.19 
 
 
260 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.76 
 
 
261 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.25 
 
 
258 aa  135  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
233 aa  135  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
247 aa  135  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.69 
 
 
261 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.31 
 
 
262 aa  135  8e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.9 
 
 
262 aa  135  9e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.74 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
233 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.41 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.2 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.51 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.6 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.29 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.2 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.06 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
259 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
263 aa  132  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4599  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.9 
 
 
240 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
233 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.4 
 
 
256 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.92 
 
 
261 aa  131  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.01 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.07 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.07 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.92 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.02 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.37 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.14 
 
 
265 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.82 
 
 
260 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3976  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
252 aa  129  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1368  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.194105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
252 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.566971  normal  0.585219 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
256 aa  129  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.34 
 
 
256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1230  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.824936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1207  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1209  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00888886  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1330  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1470  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1043  acetoacetyl-CoA reductase  37.1 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.8589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1405  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2027  acetoacetyl-CoA reductase  37.1 
 
 
241 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631295  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.29 
 
 
256 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1231  acetoacetyl-CoA reductase  37.75 
 
 
247 aa  129  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
255 aa  129  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>