More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2557 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2557  ABC transporter permease  100 
 
 		 292 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.78 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 287 aa  161  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  39.65 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.05 
 
 		 286 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4108  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  40.08 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  37.14 
 
 		 295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.98 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  38.25 
 
 		 628 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  32 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 652 aa  143  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 285 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 628 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  34.52 
 
 		 315 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 330 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0009  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.978164  normal  0.0292693 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0837  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997014  normal  0.129004 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 524 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  33.33 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.85 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  31.27 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.98 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3289  hypothetical protein  37.14 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0960576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6070  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 526 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>