More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4188 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 
221 aa  446  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  66.83 
 
 
215 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  64.93 
 
 
215 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3084  cytochrome c biogenesis protein CcmA  61.76 
 
 
207 aa  241  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.23 
 
 
205 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.17 
 
 
218 aa  208  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.17 
 
 
215 aa  208  6e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3358  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.24 
 
 
202 aa  204  8e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.502748  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  49.02 
 
 
215 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 
200 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  48.26 
 
 
216 aa  184  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  47.62 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.49 
 
 
200 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  46.77 
 
 
215 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.47 
 
 
200 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  46.77 
 
 
215 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.72 
 
 
208 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  49.23 
 
 
202 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  45.05 
 
 
212 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  46.63 
 
 
207 aa  168  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  43.28 
 
 
213 aa  164  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0322  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.32 
 
 
200 aa  157  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0409  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.83 
 
 
204 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.5 
 
 
207 aa  150  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1180  heme exporter protein CcmA  46.63 
 
 
205 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.36 
 
 
210 aa  148  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.29 
 
 
212 aa  147  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.87 
 
 
210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.87 
 
 
211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  40.98 
 
 
205 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  42.51 
 
 
225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.13 
 
 
226 aa  145  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  41.95 
 
 
215 aa  144  8.000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.86 
 
 
205 aa  143  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
205 aa  142  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1413  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
210 aa  140  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.767688  normal  0.925167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0381  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.19 
 
 
189 aa  139  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.36 
 
 
204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0999  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.71 
 
 
204 aa  138  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15365  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
215 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.36 
 
 
204 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  37.75 
 
 
223 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  38.35 
 
 
201 aa  136  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.54 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.54 
 
 
218 aa  135  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4989  heme exporter protein CcmA  43.92 
 
 
204 aa  135  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0205  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.52 
 
 
201 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0526934 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.75 
 
 
206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.61 
 
 
218 aa  134  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  40 
 
 
229 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.04 
 
 
208 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.04 
 
 
207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.04 
 
 
207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 
207 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 
208 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 
208 aa  131  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  37.88 
 
 
212 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  41.87 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 
208 aa  131  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.5 
 
 
205 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 
207 aa  131  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  41.5 
 
 
207 aa  131  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  41.5 
 
 
205 aa  131  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.5 
 
 
205 aa  131  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  41.5 
 
 
207 aa  131  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.5 
 
 
205 aa  131  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.5 
 
 
205 aa  131  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.5 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  40.43 
 
 
220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  36.6 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  36.59 
 
 
214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.584644 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.69 
 
 
210 aa  129  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.57 
 
 
205 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.42 
 
 
216 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.09 
 
 
217 aa  128  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.46 
 
 
216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.45 
 
 
210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 
210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 
210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.39 
 
 
216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
206 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.1 
 
 
216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.16 
 
 
217 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.53 
 
 
219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.93 
 
 
227 aa  125  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 
216 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 
216 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 
216 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 
216 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  40.62 
 
 
212 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1119  heme exporter protein CcmA  36.59 
 
 
191 aa  124  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.927557  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.67 
 
 
216 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.05 
 
 
212 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  38.34 
 
 
210 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.9 
 
 
210 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.72 
 
 
211 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.92 
 
 
216 aa  122  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.67 
 
 
216 aa  122  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>