More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3808 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 309 aa  634    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  73.31 
 
 		 297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  72.64 
 
 		 297 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 		 304 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 297 aa  378  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 297 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  59.27 
 
 		 302 aa  362  6e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.61 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  37.58 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 296 aa  207  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 295 aa  205  7e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.68 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 289 aa  189  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.47 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.57 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.86 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.66 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 295 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 319 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.64 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.34 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 295 aa  178  9e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>