More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0893 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0893  two component sensor kinase  100 
 
 
554 aa  1127    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0497  putative PAS/PAC sensor protein  39.42 
 
 
574 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.710767  normal  0.476938 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0540  putative PAS/PAC sensor protein  39.01 
 
 
573 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0429  putative PAS/PAC sensor protein  34.82 
 
 
579 aa  286  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.422258  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
1131 aa  124  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.12 
 
 
1126 aa  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4342  aerobic respiration control sensor protein ArcB  43.75 
 
 
779 aa  89  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  43.33 
 
 
968 aa  88.6  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
909 aa  86.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1760  histidine kinase  36.44 
 
 
671 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 
833 aa  85.9  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
899 aa  85.5  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  41.54 
 
 
847 aa  85.5  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 
752 aa  84  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.92 
 
 
763 aa  84  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1420  sensory box histidine kinase/response regulator  33.55 
 
 
1199 aa  83.6  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.293149  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003464  signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 
573 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02306  hypothetical protein  33.54 
 
 
576 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0469  aerobic respiration control sensor protein ArcB  41.6 
 
 
778 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.55831  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2021  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  37.59 
 
 
645 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.798842  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1126  aerobic respiration control sensor protein ArcB  41.6 
 
 
778 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3751  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
1070 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0533  aerobic respiration control sensor protein ArcB  41.6 
 
 
778 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0807351  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
902 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 
1275 aa  82  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
1352 aa  81.6  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  36.67 
 
 
631 aa  81.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.5 
 
 
818 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 
818 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 
1090 aa  81.3  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3332  sensor histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
819 aa  81.6  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 
1480 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
758 aa  80.9  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
1066 aa  80.9  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 
1287 aa  80.5  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1451  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
877 aa  80.5  0.00000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
1002 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
1002 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
1049 aa  80.1  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3445  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
717 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 
1202 aa  79.7  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2212  sensor histidine kinase/response regulator  37.41 
 
 
641 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.378364  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0460  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.22 
 
 
835 aa  79.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.980587  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
977 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  33.77 
 
 
1560 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4037  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  38.21 
 
 
659 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0141  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 
778 aa  79.3  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
1611 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3631  aerobic respiration control sensor protein ArcB  37.21 
 
 
779 aa  79.3  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330412  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  37.96 
 
 
647 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3789  aerobic respiration control sensor protein ArcB  31.43 
 
 
779 aa  79  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00874982  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 
1072 aa  79  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2774  histidine kinase  28.77 
 
 
761 aa  79.3  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622194  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.93 
 
 
1442 aa  79.3  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0053  membrane associated response regulator,histidine kinase  34.78 
 
 
818 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.255701  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
1959 aa  78.6  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2693  histidine kinase  32.7 
 
 
571 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0909214 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  33.86 
 
 
1023 aa  78.6  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0265  histidine kinase  35.4 
 
 
716 aa  78.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.431831 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0307  aerobic respiration control sensor protein ArcB  38.76 
 
 
789 aa  78.6  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0739851  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3080  histidine kinase  35.16 
 
 
1088 aa  78.6  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169759  normal  0.77184 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3343  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
800 aa  78.2  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.339102  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3366  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
762 aa  78.2  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  34.06 
 
 
1014 aa  78.2  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0301  aerobic respiration control sensor protein ArcB  39.2 
 
 
789 aa  78.2  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0737861  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2818  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
720 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.215558  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 
1498 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59800  kinase sensor protein  35.48 
 
 
931 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000197458  hitchhiker  2.65975e-17 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0232  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.3 
 
 
738 aa  77.8  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0229  histidine kinase  35.45 
 
 
724 aa  77.8  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0610831  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1106  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.56 
 
 
951 aa  77.4  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.615004  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
865 aa  77  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2782  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
1091 aa  77.4  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2331  sensor histidine kinase/response regulator  35.34 
 
 
779 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
743 aa  77  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.79 
 
 
858 aa  77  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 
928 aa  77  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1333 aa  77  0.0000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0844  PAS/histidine kinase/ATPase domain-containing protein  34.68 
 
 
669 aa  76.3  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.644717  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0139  histidine kinase  33.79 
 
 
1064 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3693  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
602 aa  76.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
1284 aa  76.6  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  36.13 
 
 
1060 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 
1407 aa  76.6  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 
920 aa  76.6  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2205  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
887 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.188088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003637  hypothetical protein  32.5 
 
 
1055 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1187  two component system histidine kinase  34.68 
 
 
683 aa  76.6  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.572633  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
993 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 
643 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2107  hypothetical protein  29.29 
 
 
676 aa  76.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 
643 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1822  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  38.26 
 
 
582 aa  76.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
916 aa  75.5  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 
1313 aa  75.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3040  histidine kinase  33.1 
 
 
1053 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0526469  normal  0.364658 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0688  histidine kinase  30.34 
 
 
691 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  36.03 
 
 
785 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0072  putative sensor/response hybrid  32.85 
 
 
527 aa  75.5  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0111636 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3174  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
1087 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00134389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>