More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_1988 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007760  Adeh_1988  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
236 aa  476  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.890022  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1890  50S ribosomal protein L3  98.73 
 
 
236 aa  470  1e-132  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1975  50S ribosomal protein L3  98.73 
 
 
236 aa  470  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1851  50S ribosomal protein L3  88.56 
 
 
236 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.722115 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  46.82 
 
 
210 aa  195  6e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  46.3 
 
 
222 aa  189  4e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  45.41 
 
 
210 aa  187  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  42.86 
 
 
212 aa  186  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  43.32 
 
 
210 aa  184  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  44.55 
 
 
212 aa  184  9e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  47.27 
 
 
207 aa  184  9e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  46.38 
 
 
209 aa  183  3e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  45.87 
 
 
210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  44.8 
 
 
209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  44.08 
 
 
207 aa  180  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  44.08 
 
 
207 aa  180  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
209 aa  180  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0291  50S ribosomal protein L3  42.33 
 
 
226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0279726  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  45.16 
 
 
212 aa  178  5.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  44.13 
 
 
207 aa  177  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  47.44 
 
 
214 aa  177  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 
209 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0477  ribosomal protein L3  43.42 
 
 
245 aa  177  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  45.12 
 
 
206 aa  176  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  44.65 
 
 
209 aa  176  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  43.66 
 
 
210 aa  176  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  40.64 
 
 
211 aa  176  4e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  41.63 
 
 
210 aa  175  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  43.78 
 
 
211 aa  175  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 
210 aa  174  9e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  41.28 
 
 
209 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  44.04 
 
 
209 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 
211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  44.04 
 
 
211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  44.04 
 
 
209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  45.66 
 
 
216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  41.1 
 
 
210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  47.22 
 
 
213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  43.96 
 
 
217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  43.54 
 
 
209 aa  172  5e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  41.55 
 
 
211 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  44.04 
 
 
211 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  42.53 
 
 
213 aa  172  5.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1226  50S ribosomal protein L3  42.04 
 
 
244 aa  171  6.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0600156  unclonable  0.00000985108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 
211 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  44.19 
 
 
216 aa  171  9e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 
211 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  42.33 
 
 
205 aa  170  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  44.29 
 
 
208 aa  169  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  42.73 
 
 
209 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 
212 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  43.98 
 
 
206 aa  170  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6721  50S ribosomal protein L3  44.44 
 
 
243 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
211 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
211 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
211 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0981  ribosomal protein L3  42.4 
 
 
215 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.843676  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3703  50S ribosomal protein L3  45.62 
 
 
212 aa  168  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  42.59 
 
 
209 aa  168  7e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  44.04 
 
 
212 aa  168  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
212 aa  167  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  44.76 
 
 
209 aa  167  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  40.72 
 
 
211 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  40.64 
 
 
210 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
211 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  41.75 
 
 
209 aa  166  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3019  50S ribosomal protein L3  42.79 
 
 
220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000216849  hitchhiker  0.0059333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  41.01 
 
 
214 aa  166  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
218 aa  166  4e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  41.01 
 
 
211 aa  166  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  43.84 
 
 
212 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  41.74 
 
 
211 aa  165  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
212 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200962  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
212 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000546138  unclonable  0.00000936811 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
212 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133275  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  43.26 
 
 
216 aa  165  5.9999999999999996e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  43.58 
 
 
212 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000139517  hitchhiker  0.00000000018898 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  42.33 
 
 
206 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  43.64 
 
 
213 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  42.4 
 
 
211 aa  164  9e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  42.4 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000108395  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  43.26 
 
 
209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  40.09 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  42.33 
 
 
219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  44.39 
 
 
217 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0265  50S ribosomal protein L3  39.62 
 
 
232 aa  164  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658657  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  44.44 
 
 
200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  42.66 
 
 
214 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  44.91 
 
 
219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  43.72 
 
 
209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  43.12 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  43.38 
 
 
212 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  43.58 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000525785  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  42.92 
 
 
214 aa  162  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>