More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0477 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0477  ribosomal protein L3  100 
 
 		 245 aa  496  1e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  48.47 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  48.03 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 		 279 aa  199  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  47.56 
 
 		 213 aa  199  5e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6721  50S ribosomal protein L3  45.3 
 
 		 243 aa  196  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  46.7 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  46.7 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  48.23 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  48.91 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  46.46 
 
 		 209 aa  191  6e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  46.7 
 
 		 239 aa  191  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0273  50S ribosomal protein L3  45.13 
 
 		 224 aa  191  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.0000000000366458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0278  50S ribosomal protein L3  45.13 
 
 		 224 aa  191  7e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  47.56 
 
 		 218 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  48.68 
 
 		 210 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  47.56 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  46.49 
 
 		 210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 		 221 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  47.35 
 
 		 218 aa  189  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  46.93 
 
 		 214 aa  188  7e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  49.11 
 
 		 222 aa  188  7e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  45.98 
 
 		 216 aa  187  9e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  45.81 
 
 		 212 aa  187  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 217 aa  187  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  44.69 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000698132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  46.32 
 
 		 208 aa  187  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  47.53 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  47.53 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  48.68 
 
 		 210 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  48.44 
 
 		 211 aa  186  3e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  48 
 
 		 209 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  48 
 
 		 209 aa  186  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  48 
 
 		 209 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0338  50S ribosomal protein L3  42.92 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274222  decreased coverage  0.000311926 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  46.26 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  48.4 
 
 		 209 aa  185  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  44.05 
 
 		 245 aa  185  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 217 aa  185  7e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 217 aa  185  7e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 217 aa  185  7e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  46.26 
 
 		 237 aa  184  8e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0696  50S ribosomal protein L3  42.04 
 
 		 223 aa  184  8e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.372092  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  46.43 
 
 		 218 aa  184  8e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  46.26 
 
 		 237 aa  184  8e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  48.4 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  46.79 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  47.14 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  47.56 
 
 		 209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  43.67 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  44.54 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  44.93 
 
 		 212 aa  182  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  45.81 
 
 		 213 aa  182  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  46.43 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  46.7 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  47.95 
 
 		 209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  46.09 
 
 		 215 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  47.49 
 
 		 209 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  44.54 
 
 		 210 aa  181  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  45.78 
 
 		 209 aa  181  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  45.78 
 
 		 209 aa  181  7e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  46.22 
 
 		 209 aa  181  8.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  44.98 
 
 		 210 aa  181  8.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  46.43 
 
 		 209 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  46.72 
 
 		 214 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  45.78 
 
 		 209 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  45.37 
 
 		 210 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  42.42 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  44.93 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0328  ribosomal protein L3  40.62 
 
 		 212 aa  180  2e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3012  50S ribosomal protein L3  43.4 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00913494 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  45.33 
 
 		 217 aa  179  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  48.25 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  45.37 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  44.93 
 
 		 212 aa  180  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000525785  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  45.85 
 
 		 246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  42.98 
 
 		 211 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  45.09 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  44.98 
 
 		 210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1264  50S ribosomal protein L3  42.04 
 
 		 224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00436289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  45.54 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  45.85 
 
 		 246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  45.61 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  42.15 
 
 		 207 aa  179  4e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  44.3 
 
 		 207 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 209 aa  179  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  45.13 
 
 		 209 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  44.74 
 
 		 226 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  41.92 
 
 		 214 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  46.88 
 
 		 216 aa  178  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  44.2 
 
 		 213 aa  178  5.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1975  50S ribosomal protein L3  43.86 
 
 		 236 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  45.41 
 
 		 246 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1890  50S ribosomal protein L3  43.86 
 
 		 236 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  44.05 
 
 		 212 aa  178  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  45.37 
 
 		 214 aa  178  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  45.81 
 
 		 246 aa  178  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  43.81 
 
 		 205 aa  177  1e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3795  50S ribosomal protein L3  41.15 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000167739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>