More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6721 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_6721  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
243 aa  491  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  54.21 
 
 
218 aa  208  7e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  53.99 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  53.99 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  53.99 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  54.21 
 
 
218 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  53.85 
 
 
214 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  54.59 
 
 
220 aa  202  5e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  52.63 
 
 
216 aa  201  7e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  53.14 
 
 
219 aa  201  8e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  52.13 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  53.37 
 
 
222 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  52.11 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
212 aa  199  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  51.4 
 
 
213 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  50.96 
 
 
219 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 
218 aa  197  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0477  ribosomal protein L3  45.3 
 
 
245 aa  196  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  51.44 
 
 
216 aa  194  7e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 
209 aa  195  7e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  52.66 
 
 
226 aa  194  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
209 aa  194  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
210 aa  193  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
211 aa  193  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
209 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
210 aa  192  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
216 aa  192  3e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  50.24 
 
 
214 aa  193  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
211 aa  192  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
207 aa  192  6e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  51.69 
 
 
209 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3995  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
208 aa  191  8e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
218 aa  190  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  49.53 
 
 
217 aa  189  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  50.48 
 
 
220 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  51.9 
 
 
210 aa  189  5e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0291  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
226 aa  189  5e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0279726  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0489  50S ribosomal protein L3  45.93 
 
 
206 aa  188  5e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.525282  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 
210 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 
210 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  47.91 
 
 
211 aa  188  5.999999999999999e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 
223 aa  188  5.999999999999999e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
208 aa  188  7e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  49.28 
 
 
204 aa  187  9e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  50 
 
 
219 aa  187  9e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
216 aa  187  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
211 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  48.6 
 
 
211 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
209 aa  186  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 
210 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
210 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1264  50S ribosomal protein L3  44.81 
 
 
224 aa  185  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00436289  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  49.07 
 
 
212 aa  185  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  48.79 
 
 
219 aa  184  7e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1907  50S ribosomal protein L3  47.66 
 
 
208 aa  185  7e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000032853  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
235 aa  184  8e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 
212 aa  184  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 
211 aa  184  9e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  48.61 
 
 
220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  47.85 
 
 
210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  48.1 
 
 
218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
216 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
210 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
219 aa  182  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 
217 aa  183  3e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
219 aa  182  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
216 aa  182  3e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  48.82 
 
 
215 aa  182  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  48.1 
 
 
212 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  46.48 
 
 
290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0767  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
208 aa  182  6e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00229919  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  182  6e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  47.14 
 
 
212 aa  181  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0192  ribosomal protein L3  46.19 
 
 
208 aa  181  8.000000000000001e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  48.79 
 
 
217 aa  181  1e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  49.05 
 
 
212 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  48.56 
 
 
213 aa  181  1e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
212 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  47.62 
 
 
210 aa  180  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
221 aa  180  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  48.31 
 
 
216 aa  180  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  48.56 
 
 
212 aa  179  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
236 aa  179  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0338  50S ribosomal protein L3  43.4 
 
 
224 aa  180  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274222  decreased coverage  0.000311926 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 
210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  47.14 
 
 
211 aa  179  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  48.17 
 
 
220 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  45.79 
 
 
227 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>