More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0953 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 205 aa  407  1e-113  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  77.34 
 
 		 207 aa  329  2e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  77.34 
 
 		 207 aa  329  2e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  76.47 
 
 		 207 aa  327  9e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  70.1 
 
 		 213 aa  293  1e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  60 
 
 		 209 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  58.74 
 
 		 209 aa  242  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  54.9 
 
 		 210 aa  234  8e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  55.61 
 
 		 212 aa  232  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  57.35 
 
 		 210 aa  231  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  57 
 
 		 213 aa  230  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  54.9 
 
 		 209 aa  228  4e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  55.39 
 
 		 209 aa  228  6e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  54.9 
 
 		 209 aa  227  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  226  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  56.44 
 
 		 211 aa  226  2e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  56.65 
 
 		 209 aa  226  2e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 210 aa  225  4e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  55.56 
 
 		 207 aa  224  9e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  53.62 
 
 		 209 aa  223  1e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0291  50S ribosomal protein L3  54.41 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0279726  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  51.47 
 
 		 211 aa  220  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  55.22 
 
 		 209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  51.71 
 
 		 212 aa  219  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  53.92 
 
 		 211 aa  219  3e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  53.3 
 
 		 217 aa  217  7.999999999999999e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  55.56 
 
 		 214 aa  216  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  54.59 
 
 		 212 aa  216  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  55.12 
 
 		 211 aa  214  7e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  50.74 
 
 		 214 aa  213  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  51.71 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0981  ribosomal protein L3  52.4 
 
 		 215 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.843676  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  51.47 
 
 		 210 aa  212  3.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  52.48 
 
 		 206 aa  210  1e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 		 212 aa  210  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  51.96 
 
 		 210 aa  210  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  53.23 
 
 		 209 aa  209  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  52.63 
 
 		 213 aa  210  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 220 aa  208  4e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 210 aa  208  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3995  ribosomal protein L3  51.96 
 
 		 208 aa  207  6e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  54 
 
 		 213 aa  207  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 218 aa  207  8e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  51.96 
 
 		 210 aa  207  8e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  52.2 
 
 		 211 aa  207  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  51.96 
 
 		 210 aa  207  8e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 		 210 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  52.5 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0194  50S ribosomal protein L3  52.74 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000719285  normal  0.0489845 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 		 211 aa  206  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 218 aa  206  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  51.64 
 
 		 218 aa  205  4e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  50.94 
 
 		 220 aa  204  7e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 		 211 aa  204  7e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 		 209 aa  204  8e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 210 aa  204  9e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 		 211 aa  203  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 219 aa  203  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 216 aa  202  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  47.85 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50.74 
 
 		 209 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 218 aa  202  4e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0265  50S ribosomal protein L3  50.99 
 
 		 232 aa  201  5e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658657  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 217 aa  201  8e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 217 aa  201  8e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 217 aa  201  8e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.74 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  52.71 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  52.71 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  51.52 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 		 212 aa  199  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 		 209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1129  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 		 218 aa  198  6e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20031  50S ribosomal protein L3  49.02 
 
 		 218 aa  197  7e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3012  50S ribosomal protein L3  48.39 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00913494 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 		 221 aa  195  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0192  ribosomal protein L3  49.51 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  51.71 
 
 		 212 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  50 
 
 		 204 aa  195  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 		 212 aa  195  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 		 209 aa  195  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 209 aa  194  5.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 		 209 aa  194  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  46.63 
 
 		 217 aa  194  7e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  49.01 
 
 		 213 aa  194  8.000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  53.66 
 
 		 206 aa  194  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>