More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3399 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 406 aa  816    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.22 
 
 		 394 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  53.89 
 
 		 367 aa  380  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.62 
 
 		 390 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  57.18 
 
 		 397 aa  362  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.62 
 
 		 392 aa  362  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  50.63 
 
 		 393 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  51.09 
 
 		 378 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  51.97 
 
 		 447 aa  348  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.54 
 
 		 385 aa  346  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.28 
 
 		 446 aa  345  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 441 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 441 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  50.55 
 
 		 384 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  49.34 
 
 		 377 aa  339  7e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  52.23 
 
 		 399 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  49.32 
 
 		 385 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  51.6 
 
 		 391 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  46.02 
 
 		 395 aa  333  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  47.07 
 
 		 386 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  47.87 
 
 		 392 aa  331  1e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.34 
 
 		 384 aa  332  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  49.31 
 
 		 387 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  49.86 
 
 		 402 aa  329  6e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  48.39 
 
 		 400 aa  328  7e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.32 
 
 		 395 aa  328  9e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.78 
 
 		 386 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  48.73 
 
 		 412 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  50.26 
 
 		 398 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.32 
 
 		 398 aa  327  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  48.9 
 
 		 385 aa  326  5e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.9 
 
 		 410 aa  326  5e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.17 
 
 		 411 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.51 
 
 		 422 aa  324  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.67 
 
 		 381 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  47.67 
 
 		 381 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  45.55 
 
 		 405 aa  325  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  47.95 
 
 		 381 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  46.68 
 
 		 386 aa  323  4e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.24 
 
 		 433 aa  322  5e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  46.58 
 
 		 386 aa  322  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.41 
 
 		 424 aa  322  8e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  47.87 
 
 		 430 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  45.66 
 
 		 390 aa  319  6e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  48.22 
 
 		 378 aa  318  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.47 
 
 		 399 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 391 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.47 
 
 		 384 aa  316  5e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  50 
 
 		 398 aa  316  5e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  46.47 
 
 		 382 aa  315  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  48.59 
 
 		 387 aa  315  9e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  46.47 
 
 		 382 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  46.21 
 
 		 394 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  46.2 
 
 		 382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  48.65 
 
 		 383 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  46.88 
 
 		 380 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  48.11 
 
 		 423 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  43 
 
 		 395 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  46.2 
 
 		 382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  43 
 
 		 395 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.59 
 
 		 391 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  43.9 
 
 		 388 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  48.06 
 
 		 401 aa  312  7.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  48.62 
 
 		 400 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  47.27 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  50.57 
 
 		 391 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  46.35 
 
 		 394 aa  311  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  49.1 
 
 		 430 aa  311  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  44.84 
 
 		 428 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  46.32 
 
 		 381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  45.24 
 
 		 409 aa  309  4e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  45.87 
 
 		 442 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  45.33 
 
 		 383 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  43.83 
 
 		 397 aa  308  6.999999999999999e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  46.2 
 
 		 382 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 409 aa  308  9e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  45.75 
 
 		 428 aa  308  9e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  44.99 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.99 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 409 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  44.99 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.14 
 
 		 384 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  44.68 
 
 		 386 aa  306  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  45.14 
 
 		 384 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  44.62 
 
 		 384 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  46.28 
 
 		 401 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  44.11 
 
 		 379 aa  305  9.000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  46.9 
 
 		 386 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.01 
 
 		 396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  45.65 
 
 		 385 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  45.65 
 
 		 385 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  46.37 
 
 		 381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  45.65 
 
 		 385 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  44.36 
 
 		 384 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  44.93 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  43.22 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  46.22 
 
 		 431 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>