75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2520 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2520  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 474 aa  933    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3983  polysaccharide biosynthesis associated protein  62.85 
 
 		 467 aa  528  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3541  polysaccharide biosynthesis protein  59.13 
 
 		 474 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3832  polysaccharide biosynthesis protein  59.57 
 
 		 471 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.431872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1020  polysaccharide biosynthesis protein  48.28 
 
 		 490 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3018  polysaccharide biosynthesis protein  45.63 
 
 		 468 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2754  polysaccharide biosynthesis protein  38.34 
 
 		 460 aa  289  7e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.316209  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1391  polysaccharide biosynthesis protein  38.34 
 
 		 456 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3553  polysaccharide biosynthesis protein  37 
 
 		 458 aa  272  8.000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1411  polysaccharide biosynthesis protein  38.12 
 
 		 456 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4001  polysaccharide biosynthesis protein  38.62 
 
 		 455 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.443077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4685  polysaccharide biosynthesis protein  38.57 
 
 		 453 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6968  PST family polysaccharide export protein  38.52 
 
 		 458 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.756164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2996  polysaccharide biosynthesis protein  39.61 
 
 		 459 aa  249  8e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2373  polysaccharide biosynthesis protein  36.24 
 
 		 446 aa  196  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.308358  hitchhiker  0.00106477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0926  polysaccharide biosynthesis protein  35.7 
 
 		 458 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0987  polysaccharide biosynthesis protein  35.34 
 
 		 458 aa  184  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.676741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0950  polysaccharide biosynthesis protein  35.34 
 
 		 458 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0259794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5559  polysaccharide biosynthesis protein  36.76 
 
 		 442 aa  163  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261987  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5327  polysaccharide biosynthesis protein  39.37 
 
 		 445 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0472551  normal  0.0858273 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1796  polysaccharide biosynthesis protein  27.16 
 
 		 453 aa  100  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2304  polysaccharide biosynthesis protein  29.51 
 
 		 494 aa  95.5  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.298994  normal  0.0362143 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0777  polysaccharide biosynthesis protein  26.37 
 
 		 441 aa  88.6  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1211  polysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 		 489 aa  87.4  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.401485 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0890  polysaccharide biosynthesis protein  31.6 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.362175  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1836  polysaccharide biosynthesis protein  24.24 
 
 		 446 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0172  polysaccharide efflux transporter, putative  32.81 
 
 		 495 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.377433 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22850  polysaccharide biosynthesis protein  22.17 
 
 		 499 aa  79  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2073  polysaccharide biosynthesis protein  29.63 
 
 		 492 aa  77  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3797  polysaccharide biosynthesis protein  23.63 
 
 		 461 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.683173  normal  0.302663 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2684  polysaccharide biosynthesis protein  23.86 
 
 		 539 aa  75.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8594  polysaccharide biosynthesis protein  28.86 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4321  polysaccharide biosynthesis protein  29.56 
 
 		 456 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1862  polysaccharide efflux transporter, putative  31.84 
 
 		 496 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4091  polysaccharide biosynthesis protein  18.63 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1767  polysaccharide biosynthesis protein  24.74 
 
 		 447 aa  65.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0935149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1965  polysaccharide biosynthesis protein  27.86 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0295315 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05198  hypothetical protein  22.25 
 
 		 435 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001317  capsular polysaccharide synthesis enzyme cpsJ Membrane protein export of O-antigen and teichoic acid  22 
 
 		 435 aa  63.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.872862  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2188  polysaccharide biosynthesis protein  29.03 
 
 		 495 aa  61.2  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1593  polysaccharide biosynthesis protein  28.17 
 
 		 504 aa  60.8  0.00000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2567  heteropolysaccharide repeat-containing protein  19.3 
 
 		 517 aa  60.5  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.09409  normal  0.0273385 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3122  polysaccharide biosynthesis protein  28.22 
 
 		 490 aa  58.5  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0929  polysaccharide biosynthesis protein  26.42 
 
 		 489 aa  57.4  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1685  polysaccharide biosynthesis protein  23.54 
 
 		 441 aa  56.6  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.929392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0945  multi antimicrobial extrusion protein MatE  28.66 
 
 		 495 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2047  polysaccharide biosynthesis protein  31.38 
 
 		 504 aa  54.7  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2457  polysaccharide biosynthesis protein  23.27 
 
 		 514 aa  55.1  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.267844  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3437  polysaccharide biosynthesis protein  24.27 
 
 		 483 aa  55.1  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.655907  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1071  polysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 		 489 aa  53.9  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3971  polysaccharide biosynthesis protein  31.72 
 
 		 582 aa  53.5  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.137474  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0639  polysaccharide biosynthesis protein  19.34 
 
 		 458 aa  52.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.216711  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2504  polysaccharide biosynthesis protein  25.55 
 
 		 486 aa  52.4  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2947  polysaccharide biosynthesis protein  22.34 
 
 		 484 aa  51.6  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1422  hypothetical protein  20.14 
 
 		 490 aa  50.8  0.00005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.379895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1827  hypothetical protein  28.06 
 
 		 522 aa  49.7  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.356009  normal  0.0154869 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2438  polysaccharide biosynthesis protein  26.09 
 
 		 495 aa  49.7  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4028  polysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 456 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1608  polysaccharide biosynthesis protein  28.72 
 
 		 492 aa  49.3  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2028  polysaccharide biosynthesis protein  24.87 
 
 		 423 aa  48.9  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.134656  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1069  polysaccharide biosynthesis protein  39.73 
 
 		 512 aa  48.1  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.544527 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1074  polysaccharide biosynthesis protein  29.55 
 
 		 476 aa  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0510405  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1538  polysaccharide biosynthesis protein  31.53 
 
 		 480 aa  47.4  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1836  hypothetical protein  26.62 
 
 		 523 aa  47.4  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2971  polysaccharide biosynthesis protein  27.75 
 
 		 475 aa  47  0.0007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.224966  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1412  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 474 aa  46.2  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1107  putative membrane protein involved in export of O-antigen  26.5 
 
 		 450 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.361388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0449  polysaccharide biosynthesis protein  23.71 
 
 		 502 aa  46.6  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.757285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1009  polysaccharide biosynthesis protein  26.4 
 
 		 536 aa  45.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0259  polysaccharide biosynthesis protein  29.14 
 
 		 498 aa  45.1  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0561  polysaccharide biosynthesis protein  26.26 
 
 		 456 aa  44.3  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3093  O-antigen and teichoic acid-like export protein  31.21 
 
 		 507 aa  44.3  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116162  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1846  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 433 aa  43.9  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1942  polysaccharide biosynthesis protein  25.54 
 
 		 464 aa  43.9  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.634447  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0344  polysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 430 aa  43.9  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0233913 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>