More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1943 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  100 
 
 		 208 aa  421  1e-117  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  87.5 
 
 		 208 aa  369  1e-101  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  84.62 
 
 		 208 aa  362  3e-99  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  86.06 
 
 		 208 aa  361  4e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  84.62 
 
 		 208 aa  360  1e-98  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  85.1 
 
 		 208 aa  360  1e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  84.13 
 
 		 208 aa  359  2e-98  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  84.13 
 
 		 208 aa  359  2e-98  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  82.69 
 
 		 208 aa  353  1e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  79.81 
 
 		 208 aa  344  5e-94  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  56.25 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 203 aa  229  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  229  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 209 aa  229  3e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.4 
 
 		 211 aa  227  8e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  227  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  227  1e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  227  1e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 		 207 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  57.14 
 
 		 207 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.88 
 
 		 208 aa  224  6e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 203 aa  224  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  221  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 208 aa  219  1.9999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  219  3e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 209 aa  219  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  56.19 
 
 		 207 aa  218  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 207 aa  218  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  53.37 
 
 		 208 aa  218  5e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 200 aa  218  7e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  56.94 
 
 		 209 aa  217  8.999999999999998e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  55.92 
 
 		 206 aa  217  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 207 aa  217  8.999999999999998e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 208 aa  217  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 203 aa  217  1e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 208 aa  216  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 203 aa  217  1e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  54.98 
 
 		 206 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 203 aa  217  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  215  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 206 aa  215  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 208 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 203 aa  214  7e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 208 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 203 aa  213  9.999999999999999e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  213  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  52.15 
 
 		 209 aa  212  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  211  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  51.92 
 
 		 208 aa  211  7.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3924  30S ribosomal protein S4  55.71 
 
 		 207 aa  210  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  210  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 200 aa  210  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  55.02 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  54.33 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  55.02 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3500  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0101758  hitchhiker  0.0000000843675 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2613  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  208  4e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.872553  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  207  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  54.29 
 
 		 207 aa  207  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  53.11 
 
 		 209 aa  207  7e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  207  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  207  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 		 207 aa  207  8e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  207  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 		 207 aa  207  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 208 aa  206  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 208 aa  206  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 201 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 201 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>