More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0048 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0048  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  100 
 
 
187 aa  384  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.256643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0033  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  81.28 
 
 
187 aa  323  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.417367  hitchhiker  0.00409265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  81.28 
 
 
187 aa  323  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0894147 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0036  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  80.75 
 
 
188 aa  321  3e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0039  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  81.28 
 
 
187 aa  321  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125507  hitchhiker  5.14659e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  80.75 
 
 
189 aa  321  4e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  80.75 
 
 
189 aa  321  4e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0035  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  80.75 
 
 
187 aa  321  5e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  6.68977e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0035  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  80.21 
 
 
189 aa  318  2e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.99947  hitchhiker  0.000130269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  79.14 
 
 
189 aa  316  1e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3731  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  79.14 
 
 
187 aa  310  6e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00032543  hitchhiker  0.00694812 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0040  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  78.07 
 
 
187 aa  308  3e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000217946  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  76.47 
 
 
187 aa  308  3e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0043  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  76.47 
 
 
187 aa  300  5e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.804086  normal  0.370158 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  73.8 
 
 
187 aa  295  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0028  DNA topoisomerase I  71.12 
 
 
187 aa  289  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369311  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0024  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50.27 
 
 
186 aa  213  1e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00026  putative DNA topoisomerase; C4 zinc finger domain protein  49.73 
 
 
180 aa  204  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.979769  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00387  DNA topoisomerase A  51.06 
 
 
188 aa  196  2e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002062  Zn-finger domain-containing protein  51.6 
 
 
189 aa  195  4e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2469  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50 
 
 
190 aa  189  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0027  DNA topoisomerase, type IA, Zn finger  45.7 
 
 
186 aa  188  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0079  DNA topoisomerase  46.96 
 
 
189 aa  176  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.870328  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3599  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  47.7 
 
 
180 aa  171  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.19283e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3707  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  47.7 
 
 
180 aa  171  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281277  normal  0.131734 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3672  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  47.7 
 
 
180 aa  171  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105174  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3770  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  47.7 
 
 
180 aa  171  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380857  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3600  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  47.7 
 
 
180 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0707644  normal  0.764114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0074  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  50 
 
 
187 aa  168  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3715  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.27 
 
 
180 aa  166  3e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00283227  hitchhiker  0.00891628 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  45.55 
 
 
768 aa  165  3e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3766  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  47.62 
 
 
180 aa  165  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000848781  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3579  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  47.62 
 
 
180 aa  164  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0127763  normal  0.160095 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03085  hypothetical protein  47.62 
 
 
180 aa  164  7e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.15137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4606  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  47.62 
 
 
180 aa  164  7e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00790504  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3477  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  47.62 
 
 
180 aa  164  7e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.83076e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03134  predicted DNA topoisomerase  47.62 
 
 
180 aa  164  7e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0430  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  47.62 
 
 
180 aa  164  7e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00343806  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0430  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.62 
 
 
180 aa  164  7e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00156622  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  42.26 
 
 
765 aa  157  6e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  42.26 
 
 
765 aa  157  7e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  4.3689e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3965  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.98 
 
 
185 aa  157  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0249698  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3786  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.98 
 
 
185 aa  157  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000331014  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0319  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  43.35 
 
 
179 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020229  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0620  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  43.35 
 
 
179 aa  156  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.80134e-06  normal  0.0216681 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3879  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  43.35 
 
 
179 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.65305e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4508  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  44.05 
 
 
181 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000112025  hitchhiker  0.000168776 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0442  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.75 
 
 
185 aa  151  6e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0826807  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0359  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.37 
 
 
185 aa  148  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0044685  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  42.7 
 
 
851 aa  144  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  42.7 
 
 
851 aa  144  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  40.96 
 
 
759 aa  144  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  40.36 
 
 
759 aa  144  8e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0008  DNA topoisomerase I-related protein  37.7 
 
 
182 aa  130  8e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  36.36 
 
 
841 aa  130  8e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  39.76 
 
 
756 aa  128  4e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  3.24271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  38.55 
 
 
776 aa  126  2e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  6.97651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  38.55 
 
 
779 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.91579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  36 
 
 
758 aa  123  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.50772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  38.55 
 
 
779 aa  123  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  39.88 
 
 
758 aa  122  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.70299e-09  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  39.88 
 
 
757 aa  121  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  36.93 
 
 
747 aa  121  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 
758 aa  119  2e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  8.37338e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  37.06 
 
 
813 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  33.85 
 
 
831 aa  117  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  33.85 
 
 
831 aa  117  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  33.85 
 
 
831 aa  117  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  34.29 
 
 
751 aa  117  8e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  37.85 
 
 
760 aa  117  1e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  36.84 
 
 
748 aa  117  1e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  3.72801e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  37.21 
 
 
853 aa  115  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  36.72 
 
 
758 aa  115  4e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  36.99 
 
 
746 aa  110  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  36.93 
 
 
767 aa  109  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  42.06 
 
 
691 aa  107  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  32.04 
 
 
793 aa  107  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  33.92 
 
 
894 aa  106  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  37.59 
 
 
789 aa  104  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  37.5 
 
 
694 aa  104  9e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  34.83 
 
 
783 aa  103  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  39.82 
 
 
684 aa  102  5e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  39.1 
 
 
700 aa  101  6e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  35.1 
 
 
836 aa  100  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  2.44427e-09 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  36.81 
 
 
836 aa  100  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  31.95 
 
 
743 aa  100  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  38.35 
 
 
700 aa  100  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  38.35 
 
 
700 aa  99.4  3e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  37.5 
 
 
695 aa  97.1  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1956  DNA topoisomerase I  36.64 
 
 
700 aa  97.1  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  36.81 
 
 
704 aa  97.4  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  34.94 
 
 
853 aa  95.9  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  32.3 
 
 
859 aa  95.5  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  38.89 
 
 
689 aa  94.7  7e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1674  DNA topoisomerase I  35.88 
 
 
700 aa  94.7  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.121954  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  44.94 
 
 
812 aa  93.2  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  37.6 
 
 
694 aa  92.8  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  35.92 
 
 
702 aa  92  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  32.37 
 
 
694 aa  92.4  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1005  DNA topoisomerase I  33.33 
 
 
706 aa  90.9  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00429671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>