More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2469 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2469  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  100 
 
 
190 aa  390  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00387  DNA topoisomerase A  68.98 
 
 
188 aa  282  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002062  Zn-finger domain-containing protein  68.09 
 
 
189 aa  278  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0079  DNA topoisomerase  58.29 
 
 
189 aa  235  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.870328  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3600  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  57.74 
 
 
180 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0707644  normal  0.764114 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  53.97 
 
 
189 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  53.97 
 
 
189 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0035  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  53.8 
 
 
187 aa  205  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3715  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  58.18 
 
 
180 aa  205  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00283227  hitchhiker  0.00891628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0033  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  52.72 
 
 
187 aa  204  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.417367  hitchhiker  0.00409265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  52.72 
 
 
187 aa  204  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0894147 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0039  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  52.72 
 
 
187 aa  205  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125507  hitchhiker  0.00000514659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0035  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  53.44 
 
 
189 aa  204  8e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.99947  hitchhiker  0.000130269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  53.44 
 
 
189 aa  203  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0036  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  51.87 
 
 
188 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3672  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  57.14 
 
 
180 aa  202  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3707  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  57.14 
 
 
180 aa  202  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281277  normal  0.131734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3599  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  57.14 
 
 
180 aa  202  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000119283  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3770  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  57.14 
 
 
180 aa  202  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380857  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0043  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  52.75 
 
 
187 aa  201  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.804086  normal  0.370158 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0319  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  57.93 
 
 
179 aa  200  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020229  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3879  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  57.93 
 
 
179 aa  200  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000865305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3766  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  55.95 
 
 
180 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000848781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0620  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  57.32 
 
 
179 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000280134  normal  0.0216681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0027  DNA topoisomerase, type IA, Zn finger  50 
 
 
186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3579  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  55.36 
 
 
180 aa  198  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0127763  normal  0.160095 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03134  predicted DNA topoisomerase  55.36 
 
 
180 aa  197  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0430  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  55.36 
 
 
180 aa  197  6e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00343806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4606  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  55.36 
 
 
180 aa  197  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00790504  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03085  hypothetical protein  55.36 
 
 
180 aa  197  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.15137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3477  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  55.36 
 
 
180 aa  197  6e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000183076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0430  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  55.36 
 
 
180 aa  197  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00156622  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3786  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  53.63 
 
 
185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000331014  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  50 
 
 
187 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  51.65 
 
 
187 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0040  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  51.1 
 
 
187 aa  193  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000217946  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0442  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  52.54 
 
 
185 aa  192  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0826807  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0028  DNA topoisomerase I  52.2 
 
 
187 aa  192  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369311  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3965  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  53.67 
 
 
185 aa  191  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0249698  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0359  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  55.42 
 
 
185 aa  191  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0044685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4508  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  54.86 
 
 
181 aa  191  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000112025  hitchhiker  0.000168776 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3731  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  50 
 
 
187 aa  189  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00032543  hitchhiker  0.00694812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0048  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50 
 
 
187 aa  189  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.256643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0024  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  48.42 
 
 
186 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00026  putative DNA topoisomerase; C4 zinc finger domain protein  46.2 
 
 
180 aa  184  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.979769  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  44 
 
 
851 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  44 
 
 
851 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0074  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.09 
 
 
187 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  43.75 
 
 
768 aa  165  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  41.32 
 
 
765 aa  161  5.0000000000000005e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0008  DNA topoisomerase I-related protein  48.85 
 
 
182 aa  160  7e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  41.07 
 
 
765 aa  160  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  45.27 
 
 
779 aa  154  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  45.27 
 
 
779 aa  154  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  40.12 
 
 
841 aa  149  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  38.37 
 
 
759 aa  145  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  40.79 
 
 
756 aa  145  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  38.24 
 
 
776 aa  142  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  38.64 
 
 
758 aa  141  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000450772  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  38.24 
 
 
853 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  36.31 
 
 
783 aa  136  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  39.87 
 
 
759 aa  135  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  35.8 
 
 
748 aa  135  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  40.97 
 
 
758 aa  135  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  37.08 
 
 
751 aa  131  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  37.64 
 
 
760 aa  130  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  36.78 
 
 
757 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  36.21 
 
 
831 aa  129  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  36.21 
 
 
831 aa  129  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  36.21 
 
 
831 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  36.21 
 
 
758 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  36.26 
 
 
813 aa  125  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  36.49 
 
 
836 aa  123  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  35.47 
 
 
767 aa  122  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  37.65 
 
 
747 aa  121  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  37.16 
 
 
789 aa  120  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  34.65 
 
 
746 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  42.5 
 
 
691 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  37.58 
 
 
894 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
694 aa  111  7.000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  36.94 
 
 
853 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  31.08 
 
 
793 aa  109  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  34.57 
 
 
859 aa  108  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  35.8 
 
 
836 aa  108  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  42.19 
 
 
704 aa  108  6e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  33.12 
 
 
780 aa  107  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  38.1 
 
 
700 aa  106  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  38.1 
 
 
700 aa  105  3e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  38.66 
 
 
684 aa  105  4e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  33.71 
 
 
758 aa  105  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  40.6 
 
 
702 aa  104  8e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1005  DNA topoisomerase I  34.43 
 
 
706 aa  103  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00429671  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  36.51 
 
 
700 aa  102  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  37.9 
 
 
695 aa  102  3e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  40.16 
 
 
694 aa  102  4e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0923  DNA topoisomerase I  34.45 
 
 
714 aa  102  5e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
689 aa  101  8e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  34.72 
 
 
743 aa  100  9e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0012  DNA topoisomerase I/SWI domain fusion protein  35.46 
 
 
865 aa  100  1e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25431  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  38.39 
 
 
691 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000153126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>