156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0528 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  94.92 
 
 		 295 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  94.92 
 
 		 295 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  90.85 
 
 		 295 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  90.51 
 
 		 295 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  78.91 
 
 		 294 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  79.52 
 
 		 309 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  78.91 
 
 		 292 aa  482  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  77.13 
 
 		 293 aa  478  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  78.91 
 
 		 292 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  74.15 
 
 		 294 aa  462  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  76.06 
 
 		 257 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  68.69 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  62.46 
 
 		 298 aa  367  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  62.03 
 
 		 297 aa  360  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  60.68 
 
 		 298 aa  358  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  60.68 
 
 		 298 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  57.82 
 
 		 296 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  86.21 
 
 		 156 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.52 
 
 		 291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  41.54 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.57 
 
 		 291 aa  209  5e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  39.18 
 
 		 291 aa  205  9e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  42.6 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  39.46 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.41 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  40.07 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  41.32 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.2 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  40.86 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  36.86 
 
 		 292 aa  193  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  40.07 
 
 		 338 aa  191  9e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  42.09 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  38.81 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  36.18 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  38.81 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  35.94 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  35.03 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  34.84 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  35.46 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  35.5 
 
 		 292 aa  158  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  33.92 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  31.65 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 		 380 aa  142  8e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  31.11 
 
 		 388 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  33.47 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  29.45 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.36 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  34.53 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  28.67 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 		 377 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 		 373 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  28.57 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  29.97 
 
 		 332 aa  105  6e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  32.39 
 
 		 390 aa  102  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  30.61 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 		 409 aa  95.5  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.38 
 
 		 402 aa  92.8  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  81.08 
 
 		 38 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  29.88 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 541 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 487 aa  56.6  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.71 
 
 		 472 aa  55.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.36 
 
 		 515 aa  53.9  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 		 705 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 		 473 aa  53.5  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 		 513 aa  53.1  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  28.48 
 
 		 553 aa  53.1  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 502 aa  52.8  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 444 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.7 
 
 		 472 aa  51.6  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 716 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  23.72 
 
 		 521 aa  50.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  25.91 
 
 		 341 aa  50.4  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.91 
 
 		 378 aa  50.1  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  29.89 
 
 		 473 aa  49.7  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 472 aa  49.7  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  29.89 
 
 		 473 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.74 
 
 		 474 aa  48.9  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  27.93 
 
 		 638 aa  48.9  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  27.56 
 
 		 523 aa  48.9  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  22.07 
 
 		 503 aa  48.9  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  24.36 
 
 		 517 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.58 
 
 		 533 aa  48.5  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.72 
 
 		 513 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 		 707 aa  47.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 		 635 aa  47.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  25.6 
 
 		 374 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 488 aa  48.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.95 
 
 		 375 aa  47.8  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 		 474 aa  47.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.74 
 
 		 473 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  22.64 
 
 		 472 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2010  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.49 
 
 		 371 aa  47  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>