193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3076 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  100 
 
 		 292 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  81.29 
 
 		 295 aa  497  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  81.29 
 
 		 295 aa  497  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  80.95 
 
 		 295 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  80.61 
 
 		 295 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  78.91 
 
 		 295 aa  482  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  75.85 
 
 		 294 aa  461  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  75.95 
 
 		 293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  73.9 
 
 		 309 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  76.37 
 
 		 292 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  72.45 
 
 		 294 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  80.93 
 
 		 257 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  69.36 
 
 		 300 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  62.12 
 
 		 298 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  60.75 
 
 		 297 aa  348  5e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  60.41 
 
 		 298 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  59.73 
 
 		 298 aa  345  7e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  56.46 
 
 		 296 aa  318  7e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  78.32 
 
 		 156 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  40.81 
 
 		 291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  43.49 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.18 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  41.96 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  38.49 
 
 		 292 aa  205  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  38.59 
 
 		 293 aa  201  8e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.89 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  38.01 
 
 		 291 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  38.64 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  43.06 
 
 		 293 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.54 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  41.11 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  39.51 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  35.59 
 
 		 293 aa  192  6e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  40.78 
 
 		 295 aa  191  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  40.36 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  41.07 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  39.05 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.82 
 
 		 293 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  36.99 
 
 		 292 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  33.56 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  36.54 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 		 380 aa  155  6e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  34.04 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  33.09 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  31.96 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 		 399 aa  144  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  29.79 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 		 377 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  32.78 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  29.77 
 
 		 388 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  33.78 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 		 373 aa  123  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.72 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  28.09 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  27.67 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  31.1 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 		 402 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  28.36 
 
 		 332 aa  99.4  7e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  78.38 
 
 		 38 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.16 
 
 		 501 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  25.99 
 
 		 476 aa  55.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 531 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4117  hypothetical protein  26.4 
 
 		 334 aa  53.5  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 		 705 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 		 444 aa  53.5  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.68 
 
 		 478 aa  53.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 		 620 aa  50.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 716 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2022  hypothetical protein  27.37 
 
 		 338 aa  50.4  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 472 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.43 
 
 		 472 aa  49.7  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2010  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.08 
 
 		 371 aa  49.7  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3604  coproporphyrinogen III oxidase  23.88 
 
 		 444 aa  49.7  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1087  radical SAM family protein  24.6 
 
 		 311 aa  49.3  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.447962 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.88 
 
 		 479 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.88 
 
 		 479 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.82 
 
 		 484 aa  49.3  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.4 
 
 		 618 aa  49.3  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  22.75 
 
 		 430 aa  48.5  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 533 aa  48.9  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.68 
 
 		 503 aa  48.1  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4436  coproporphyrinogen III oxidase  23.31 
 
 		 379 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  20.71 
 
 		 397 aa  47.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.01 
 
 		 473 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  25.14 
 
 		 638 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  24.06 
 
 		 341 aa  47  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  22.71 
 
 		 490 aa  47.4  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  25.3 
 
 		 1250 aa  47  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 474 aa  46.6  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  23.57 
 
 		 429 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  24.55 
 
 		 444 aa  46.6  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  23.53 
 
 		 565 aa  46.6  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1290  Coproporphyrinogen dehydrogenase  24.84 
 
 		 363 aa  46.2  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.114072  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0800  coproporphyrinogen III oxidase  22.88 
 
 		 379 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000109269  hitchhiker  5.6543700000000005e-18 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>