172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4516 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  81.57 
 
 		 309 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  79.18 
 
 		 294 aa  488  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  78.5 
 
 		 295 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  78.5 
 
 		 295 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  77.82 
 
 		 295 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  78.16 
 
 		 295 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  77.13 
 
 		 295 aa  478  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  75.95 
 
 		 292 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  72.7 
 
 		 294 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  76.45 
 
 		 292 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  68.35 
 
 		 300 aa  391  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  72.2 
 
 		 257 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  62.8 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  62.71 
 
 		 298 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  61.17 
 
 		 298 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  62.03 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  59.52 
 
 		 296 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  39.93 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  74.83 
 
 		 156 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  42.96 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  39.46 
 
 		 292 aa  207  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  38.57 
 
 		 291 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  41.18 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  40.65 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  38.91 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  40.67 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  38.23 
 
 		 291 aa  202  7e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  39.25 
 
 		 292 aa  199  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  43.26 
 
 		 293 aa  198  9e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  38.72 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  42.09 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.75 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  40.71 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  38.1 
 
 		 292 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  41.18 
 
 		 338 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  41.01 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  40.58 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.65 
 
 		 293 aa  188  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.5 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  37.79 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  35.97 
 
 		 291 aa  169  3e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  33.09 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  34.8 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  32.48 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.62 
 
 		 380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 		 292 aa  146  5e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  32.53 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.79 
 
 		 388 aa  142  9e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  29.14 
 
 		 399 aa  140  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  30.24 
 
 		 377 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  28.76 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  34.68 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  29.55 
 
 		 373 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.3 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  35.2 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  29.83 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  32.55 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  34.91 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  32.67 
 
 		 402 aa  109  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  29.24 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  75 
 
 		 38 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  24.26 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  27.44 
 
 		 705 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  27.27 
 
 		 715 aa  55.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 		 520 aa  55.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 503 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 472 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.84 
 
 		 472 aa  53.1  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 		 341 aa  52.8  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.11 
 
 		 490 aa  52.4  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  24.39 
 
 		 523 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1163  Radical SAM domain protein  28.36 
 
 		 472 aa  51.6  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  22.51 
 
 		 541 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  24.56 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  27.95 
 
 		 1250 aa  50.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.56 
 
 		 472 aa  50.4  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.08 
 
 		 515 aa  50.4  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  26.28 
 
 		 553 aa  49.7  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  23.59 
 
 		 531 aa  49.3  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 		 500 aa  48.9  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 		 517 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.98 
 
 		 459 aa  48.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 484 aa  48.1  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.47 
 
 		 479 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 		 707 aa  47.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  24.58 
 
 		 375 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.47 
 
 		 479 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 		 635 aa  47.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 		 732 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 430 aa  47.4  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  24.23 
 
 		 444 aa  47.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.58 
 
 		 378 aa  47.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 473 aa  47.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  24.26 
 
 		 444 aa  46.6  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 		 475 aa  47  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 513 aa  46.6  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>