117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0407 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  100 
 
 		 294 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  75.17 
 
 		 295 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  75.17 
 
 		 295 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  75.17 
 
 		 295 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  74.83 
 
 		 295 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  74.15 
 
 		 295 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  72.79 
 
 		 294 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  75.51 
 
 		 292 aa  448  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  72.7 
 
 		 309 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  72.45 
 
 		 292 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  72.7 
 
 		 293 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  67.34 
 
 		 300 aa  394  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  71.81 
 
 		 257 aa  381  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  63.14 
 
 		 298 aa  378  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  62.12 
 
 		 297 aa  358  9e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  60.75 
 
 		 298 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  60.07 
 
 		 298 aa  348  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  56.46 
 
 		 296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  74.13 
 
 		 156 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.91 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  42.66 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.66 
 
 		 291 aa  205  6e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  40.29 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  38.85 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  40.68 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.92 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  37.68 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  40.07 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  40.79 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  39.86 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.88 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  36.99 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  40.62 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  38.97 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  37.46 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  38.38 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  38.38 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.32 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  40 
 
 		 292 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  37.41 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.92 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  34.05 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  34.16 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 		 292 aa  145  5e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  31.88 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  35.29 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.67 
 
 		 388 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  27.6 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 		 380 aa  125  8.000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  29.26 
 
 		 386 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  30.3 
 
 		 377 aa  123  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  29.35 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 		 399 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 311 aa  115  6e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  33.67 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.83 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  32.06 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  32.51 
 
 		 409 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 		 402 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  31.49 
 
 		 321 aa  100  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  29.52 
 
 		 332 aa  96.7  5e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  72.97 
 
 		 38 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.32 
 
 		 448 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2253  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 		 461 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000552814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 		 531 aa  50.4  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1719  radical SAM domain-containing protein  24.9 
 
 		 354 aa  50.1  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.219309  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 		 472 aa  49.7  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1716  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.03 
 
 		 384 aa  49.7  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.871197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1010  coproporphyrinogen III oxidase  24.53 
 
 		 379 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1777  radical SAM domain-containing protein  26.58 
 
 		 352 aa  47.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.112435  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1131  biotin synthase  26.44 
 
 		 341 aa  47.8  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  26.06 
 
 		 444 aa  47.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4117  hypothetical protein  29.7 
 
 		 334 aa  46.6  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.14 
 
 		 472 aa  46.6  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  25.12 
 
 		 341 aa  46.6  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.64 
 
 		 515 aa  46.2  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.71 
 
 		 501 aa  46.2  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 		 474 aa  46.2  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1725  Radical SAM domain protein  26.9 
 
 		 438 aa  46.2  0.0007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  23.11 
 
 		 503 aa  45.8  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  27.12 
 
 		 1250 aa  45.8  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1442  radical SAM domain-containing protein  33.09 
 
 		 457 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.418493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  26.62 
 
 		 500 aa  45.8  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.92 
 
 		 375 aa  45.4  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.68 
 
 		 472 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  24.36 
 
 		 521 aa  44.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 475 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0073  coproporphyrinogen III oxidase  23.64 
 
 		 447 aa  45.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3875  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.86 
 
 		 406 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4126  coproporphyrinogen III oxidase  24.53 
 
 		 442 aa  44.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 473 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1063  Fe-S oxidoreductase  26.28 
 
 		 537 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.297828  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  24.7 
 
 		 377 aa  43.9  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0545  Coproporphyrinogen dehydrogenase  22.03 
 
 		 404 aa  44.3  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.693751  normal  0.412237 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3411  coproporphyrinogen III oxidase  26.04 
 
 		 401 aa  43.9  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.85 
 
 		 520 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 		 705 aa  43.9  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>