107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1884 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  100 
 
 		 296 aa  608  1e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  72.88 
 
 		 297 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  71.19 
 
 		 298 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  71.19 
 
 		 298 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  63.85 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  59.52 
 
 		 293 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  57.29 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  59.47 
 
 		 300 aa  346  2e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  58.16 
 
 		 295 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  58.16 
 
 		 295 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  57.82 
 
 		 295 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  58.5 
 
 		 295 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  58.16 
 
 		 295 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  54.76 
 
 		 294 aa  325  5e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  57.48 
 
 		 292 aa  319  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  56.46 
 
 		 294 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  56.46 
 
 		 292 aa  318  7e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  51.92 
 
 		 257 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  42.03 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  39.32 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  43.59 
 
 		 338 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  41.76 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  40.68 
 
 		 293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  38.01 
 
 		 291 aa  199  7e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  42.03 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  41.67 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.49 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.15 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  40.07 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  37.76 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  38.87 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  37.29 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  38.91 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  41.01 
 
 		 293 aa  182  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  36.12 
 
 		 292 aa  181  9.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  34.68 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  39.64 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  35.71 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.12 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  36.67 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  57.24 
 
 		 156 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  34.64 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  35.19 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 		 380 aa  139  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  30.39 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  33.9 
 
 		 377 aa  136  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  32.99 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  30.74 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  31.62 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  30.58 
 
 		 399 aa  129  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.5 
 
 		 388 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  26.97 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.06 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  31.91 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  34.98 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 		 409 aa  105  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 		 390 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  29.47 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  34.08 
 
 		 321 aa  99  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  31.94 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 402 aa  93.6  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  66.67 
 
 		 38 aa  67  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  26.5 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26 
 
 		 479 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26 
 
 		 479 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 		 506 aa  53.9  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  22.92 
 
 		 506 aa  54.3  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  22.5 
 
 		 501 aa  53.5  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 		 506 aa  53.5  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.93 
 
 		 488 aa  52.8  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 		 531 aa  50.4  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1576  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.23 
 
 		 451 aa  50.1  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.415733  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 		 471 aa  49.7  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 		 705 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 		 646 aa  48.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 528 aa  47.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.15 
 
 		 478 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  23.76 
 
 		 472 aa  46.2  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 		 716 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 503 aa  45.8  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 		 429 aa  45.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  20.42 
 
 		 503 aa  45.8  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  22.17 
 
 		 590 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 541 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0322  coproporphyrinogen III oxidase  24.84 
 
 		 376 aa  44.3  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3859  coproporphyrinogen III oxidase  26.14 
 
 		 442 aa  44.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  25.35 
 
 		 488 aa  45.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 474 aa  44.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1034  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 393 aa  44.3  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.851598  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17330  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  25.15 
 
 		 389 aa  43.5  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.395345  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 		 565 aa  43.5  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 		 642 aa  43.9  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  23.86 
 
 		 374 aa  43.9  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  23.63 
 
 		 644 aa  43.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4968  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 		 652 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  24.39 
 
 		 445 aa  43.5  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 520 aa  43.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>