159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0456 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 309 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  81.57 
 
 		 293 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  80.55 
 
 		 295 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  80.55 
 
 		 295 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  79.52 
 
 		 295 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  79.52 
 
 		 295 aa  490  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  78.5 
 
 		 294 aa  489  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  79.18 
 
 		 295 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  78.16 
 
 		 292 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  73.9 
 
 		 292 aa  448  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  72.7 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  67.79 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  74.52 
 
 		 257 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  61.9 
 
 		 297 aa  373  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  61.22 
 
 		 298 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  60.88 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  60.88 
 
 		 298 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  57.29 
 
 		 296 aa  347  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  78.32 
 
 		 156 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  39.93 
 
 		 291 aa  219  3e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.86 
 
 		 291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  42.23 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  40.4 
 
 		 293 aa  208  8e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  39.25 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.44 
 
 		 292 aa  206  6e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  39.58 
 
 		 296 aa  206  6e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  43.73 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  41.94 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.82 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  42.65 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  42.09 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  38.57 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  37.11 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  42.86 
 
 		 293 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  40.57 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  39.57 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.33 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  39.34 
 
 		 338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.59 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  37.4 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  34.75 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  32.37 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  32.85 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  31.16 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.48 
 
 		 388 aa  139  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  32.51 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  29.08 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  27.12 
 
 		 399 aa  133  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  29.01 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 		 373 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.36 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  33.48 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 		 386 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  32.13 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 409 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  34.1 
 
 		 402 aa  115  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  29.83 
 
 		 321 aa  112  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  26.67 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  33.01 
 
 		 390 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  77.78 
 
 		 38 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 		 490 aa  57.4  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  24.26 
 
 		 375 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.27 
 
 		 472 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 473 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 565 aa  54.3  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 		 472 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  24.37 
 
 		 705 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 541 aa  54.3  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 		 474 aa  53.9  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 		 513 aa  53.5  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 		 635 aa  53.1  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.28 
 
 		 513 aa  53.1  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26.75 
 
 		 517 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 707 aa  52.4  0.000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25 
 
 		 515 aa  52  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0545  Coproporphyrinogen dehydrogenase  23.68 
 
 		 404 aa  52  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.693751  normal  0.412237 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 		 503 aa  51.2  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  23.35 
 
 		 429 aa  50.4  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 647 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 513 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  23.9 
 
 		 523 aa  49.7  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 636 aa  49.3  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 341 aa  49.3  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.77 
 
 		 472 aa  48.9  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  28.49 
 
 		 474 aa  48.5  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  24.36 
 
 		 521 aa  48.5  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 444 aa  48.5  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  25.15 
 
 		 444 aa  48.9  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  28.49 
 
 		 473 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  28.49 
 
 		 473 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 487 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 		 520 aa  48.9  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  30.41 
 
 		 480 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  25.12 
 
 		 385 aa  47.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.49 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>