135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3395 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  79.93 
 
 		 295 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  79.93 
 
 		 295 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  78.91 
 
 		 295 aa  481  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  78.16 
 
 		 309 aa  477  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  78.57 
 
 		 295 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  78.91 
 
 		 295 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  76.37 
 
 		 292 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  75.17 
 
 		 294 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  76.45 
 
 		 293 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  75.51 
 
 		 294 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  68.01 
 
 		 300 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  73.93 
 
 		 257 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  61.43 
 
 		 298 aa  358  7e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  62.46 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  61.77 
 
 		 298 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  61.43 
 
 		 298 aa  352  5e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  57.48 
 
 		 296 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  40.07 
 
 		 291 aa  212  7e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  73.43 
 
 		 156 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  40.68 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  41.02 
 
 		 293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  40.73 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  40.34 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  37.97 
 
 		 291 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  41.94 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.1 
 
 		 292 aa  191  8e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  40.07 
 
 		 293 aa  191  9e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  37.8 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  39.78 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  38.65 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  39.64 
 
 		 338 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  36.08 
 
 		 289 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  40.49 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  40.64 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  40.93 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  36.3 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  36.39 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  39.23 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.86 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  34.93 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  32.51 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  30.54 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  28.52 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.14 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.03 
 
 		 388 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  30.47 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 		 386 aa  122  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  28.42 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  29.58 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  31.22 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.82 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 		 399 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  33.67 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  32.86 
 
 		 390 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  32.6 
 
 		 321 aa  104  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  29.09 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 		 409 aa  96.7  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 		 402 aa  95.9  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  75.68 
 
 		 38 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.68 
 
 		 472 aa  58.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 		 472 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  28.02 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 		 473 aa  54.3  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 		 705 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 		 500 aa  53.9  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 		 503 aa  52.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 		 490 aa  52.4  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  23.56 
 
 		 541 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 		 341 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28 
 
 		 472 aa  51.6  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  24.31 
 
 		 521 aa  51.2  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 531 aa  51.2  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 		 520 aa  50.4  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.72 
 
 		 515 aa  50.4  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1719  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 		 354 aa  50.4  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.219309  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  24.27 
 
 		 430 aa  49.7  0.00005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 565 aa  49.3  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  23.56 
 
 		 548 aa  48.5  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  27.56 
 
 		 523 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 		 429 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  23.85 
 
 		 715 aa  47.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  27.95 
 
 		 553 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 484 aa  48.1  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  23.88 
 
 		 476 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1324  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 369 aa  47.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.527969 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 513 aa  47  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17330  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  27.12 
 
 		 389 aa  47  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.395345  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2785  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.56 
 
 		 395 aa  47  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.419951  normal  0.420525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  24.84 
 
 		 517 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 444 aa  46.6  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0586  radical SAM family protein  26.32 
 
 		 319 aa  46.2  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 716 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  27.39 
 
 		 473 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>