112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1410 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 377 aa  777    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  86.74 
 
 		 373 aa  679    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  46.58 
 
 		 386 aa  345  8e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  43.6 
 
 		 388 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  43.35 
 
 		 380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  37.4 
 
 		 399 aa  256  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.18 
 
 		 291 aa  192  9e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  32.89 
 
 		 291 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  31.19 
 
 		 292 aa  149  7e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 298 aa  146  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  32.23 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  31.16 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  32.87 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  31.89 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  30.24 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 		 296 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  33.9 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  30.69 
 
 		 293 aa  133  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  29.9 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  27.24 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  30.69 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  28.96 
 
 		 295 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  30.72 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  28.14 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  30.48 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  28.93 
 
 		 293 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 294 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  30.48 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 295 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 295 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  30.89 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  31.21 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 		 300 aa  124  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  29.9 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  30.3 
 
 		 294 aa  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  30.89 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  28.97 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  30.94 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  29.32 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  29.28 
 
 		 291 aa  96.7  6e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 292 aa  95.1  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.59 
 
 		 257 aa  94.7  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  27.14 
 
 		 293 aa  93.6  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  25.09 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  25.95 
 
 		 297 aa  90.1  5e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  21.34 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  24.58 
 
 		 293 aa  85.9  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  24.74 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  22.3 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  23.68 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  22.83 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  22.76 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  31.36 
 
 		 156 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.02 
 
 		 444 aa  55.5  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 		 518 aa  53.5  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  24.52 
 
 		 1250 aa  53.1  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.33 
 
 		 490 aa  52  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.22 
 
 		 485 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  22.77 
 
 		 501 aa  50.8  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.11 
 
 		 451 aa  50.4  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.6 
 
 		 476 aa  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.56 
 
 		 647 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4068  Radical SAM domain protein  25.12 
 
 		 633 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0722964  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 		 476 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  22.31 
 
 		 459 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  23.68 
 
 		 467 aa  47  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  25.36 
 
 		 445 aa  46.6  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  22.27 
 
 		 424 aa  46.6  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0367  radical SAM family protein  23.55 
 
 		 305 aa  46.2  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0395363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 		 474 aa  46.2  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2205  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  22.87 
 
 		 484 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.434843  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 444 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  21.89 
 
 		 503 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 473 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  28.57 
 
 		 473 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.23 
 
 		 475 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 503 aa  45.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  33.73 
 
 		 476 aa  45.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 481 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 481 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 481 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 473 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.91 
 
 		 473 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.23 
 
 		 475 aa  44.7  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0270  Radical SAM domain protein  23.53 
 
 		 929 aa  44.3  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.669686  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.87 
 
 		 473 aa  44.7  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12400  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  27.81 
 
 		 426 aa  44.3  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00807664  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0488  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.45 
 
 		 374 aa  43.9  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>