125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3100 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  95.25 
 
 		 295 aa  578  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  66.55 
 
 		 293 aa  389  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  66.32 
 
 		 293 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  64.83 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  62.89 
 
 		 293 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  61.72 
 
 		 293 aa  362  4e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  43.36 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  40.21 
 
 		 338 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  40.71 
 
 		 291 aa  216  4e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  40.83 
 
 		 292 aa  213  4.9999999999999996e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  39.93 
 
 		 291 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  42.81 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  41.02 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  43.73 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  38.77 
 
 		 289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  40.7 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  39.86 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  41.58 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  39.15 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  40.5 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  41.72 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  40.78 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  41.01 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  41.38 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  40.56 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  40.77 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  39.79 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  39.86 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  38.91 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.5 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  37.41 
 
 		 292 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  38.81 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  38.38 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  40.49 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.1 
 
 		 293 aa  175  9e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  36.4 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.75 
 
 		 257 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  31.43 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  32.32 
 
 		 373 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 		 399 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 		 380 aa  132  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 		 377 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  30.58 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  30.43 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  30.96 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  31.94 
 
 		 388 aa  122  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  29.41 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  32.12 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  28.27 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  32.31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  26.77 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.41 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  26.17 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.69 
 
 		 402 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  30.61 
 
 		 409 aa  94  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  26.46 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  28.8 
 
 		 321 aa  89  8e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  31.5 
 
 		 156 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  63.64 
 
 		 38 aa  53.9  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 430 aa  53.1  0.000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 		 705 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 		 620 aa  51.2  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 		 490 aa  51.6  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 474 aa  50.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 473 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  26.86 
 
 		 473 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 503 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 473 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 481 aa  50.4  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 481 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 481 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  25.83 
 
 		 486 aa  49.7  0.00006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2108  coproporphyrinogen III oxidase  27.44 
 
 		 409 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.62 
 
 		 473 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  23.23 
 
 		 444 aa  47.8  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.35 
 
 		 485 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.29 
 
 		 474 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2936  hypothetical protein  25.58 
 
 		 319 aa  47.4  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971153  hitchhiker  0.00000000000000717489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  26.88 
 
 		 473 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 475 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  27.43 
 
 		 470 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 716 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  26.88 
 
 		 473 aa  47  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  23.53 
 
 		 501 aa  47  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.86 
 
 		 378 aa  47  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 489 aa  46.6  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  25.58 
 
 		 474 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.22 
 
 		 474 aa  46.6  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 		 455 aa  46.2  0.0007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.68 
 
 		 485 aa  45.8  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2357  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  27.85 
 
 		 466 aa  45.8  0.0009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0972265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  27.5 
 
 		 473 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24.71 
 
 		 476 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 473 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>