142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1360 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  70.03 
 
 		 295 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  70.03 
 
 		 295 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  67.79 
 
 		 309 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  68.69 
 
 		 295 aa  417  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  69.36 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  68.69 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  69.02 
 
 		 295 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  67.34 
 
 		 294 aa  411  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  67.68 
 
 		 294 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  68.35 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  68.01 
 
 		 292 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  63.55 
 
 		 297 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  62.21 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  62.21 
 
 		 298 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  61.87 
 
 		 298 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  59.47 
 
 		 296 aa  362  4e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  64.26 
 
 		 257 aa  333  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  41.61 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.72 
 
 		 291 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  40.62 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  37.06 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  37.63 
 
 		 291 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  40.77 
 
 		 295 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  37.91 
 
 		 296 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  41.4 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  39.22 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  38.59 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  38 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  39.36 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  39.35 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  36.95 
 
 		 291 aa  188  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  39.01 
 
 		 293 aa  185  6e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.37 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  36.63 
 
 		 292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  42.2 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  63.51 
 
 		 156 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  34.24 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  35.47 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  37.5 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  34.66 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  34.88 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  34.16 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  29.11 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 380 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  33.2 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  28.62 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  31.96 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  35.14 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 		 377 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 386 aa  126  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 		 373 aa  125  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  28.82 
 
 		 399 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  28.35 
 
 		 388 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  32.02 
 
 		 409 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  31.58 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  29.34 
 
 		 321 aa  115  8.999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  30.14 
 
 		 332 aa  115  8.999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  26.45 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.33 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  28.11 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  80.56 
 
 		 38 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_14552  predicted protein  21.94 
 
 		 453 aa  59.3  0.00000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.57073  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 565 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  22.63 
 
 		 541 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0616  RNA modification protein  21.86 
 
 		 428 aa  50.4  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.776827  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  25.39 
 
 		 490 aa  50.4  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 		 705 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.92 
 
 		 523 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2603  radical SAM superfamily protein  22.91 
 
 		 313 aa  48.9  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4436  coproporphyrinogen III oxidase  24.35 
 
 		 379 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  22.8 
 
 		 737 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.37 
 
 		 472 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 		 716 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0800  coproporphyrinogen III oxidase  24.35 
 
 		 379 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000109269  hitchhiker  5.6543700000000005e-18 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  25.71 
 
 		 476 aa  47  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  30.71 
 
 		 528 aa  47.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 		 620 aa  47.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  24.34 
 
 		 726 aa  47  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  24.64 
 
 		 1250 aa  46.6  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  20.53 
 
 		 646 aa  46.6  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.98 
 
 		 618 aa  46.2  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4462  coproporphyrinogen III oxidase  24.18 
 
 		 435 aa  46.2  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  23.24 
 
 		 632 aa  46.2  0.0007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  20.53 
 
 		 642 aa  46.2  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 444 aa  46.2  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  20 
 
 		 644 aa  45.8  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0021  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.92 
 
 		 450 aa  46.2  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0814495  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25 
 
 		 513 aa  45.8  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.22 
 
 		 501 aa  45.8  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2227  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 342 aa  45.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.775407  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.22 
 
 		 472 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  26.9 
 
 		 473 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2738  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.63 
 
 		 448 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 		 732 aa  45.8  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  24.85 
 
 		 487 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  23.95 
 
 		 513 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>