182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1640 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 297 aa  609  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  83.62 
 
 		 298 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  81.82 
 
 		 298 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  72.88 
 
 		 296 aa  441  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  67.57 
 
 		 298 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  62.8 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  63.55 
 
 		 300 aa  373  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  61.9 
 
 		 309 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  62.8 
 
 		 295 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  62.8 
 
 		 295 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  61.43 
 
 		 294 aa  367  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  63.05 
 
 		 295 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  62.46 
 
 		 295 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  62.03 
 
 		 295 aa  360  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  62.12 
 
 		 294 aa  358  9e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  60.75 
 
 		 292 aa  348  6e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  62.46 
 
 		 292 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  55.6 
 
 		 257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  40.42 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  43.12 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  43.54 
 
 		 293 aa  211  7.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  40.55 
 
 		 291 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  42.75 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  39.12 
 
 		 291 aa  202  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  43.64 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  42.81 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.8 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  37.2 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.36 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  39.79 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  40.29 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  38.14 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  40 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  35.89 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  40.5 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  41.13 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  39.06 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.43 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  61.38 
 
 		 156 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.22 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  39.92 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  34.17 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  33.78 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  29.3 
 
 		 380 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  30.15 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  31.79 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.16 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  29.24 
 
 		 399 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  27.45 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 		 373 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 		 377 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  28.94 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  34.83 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  29.15 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  32.24 
 
 		 390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  32.68 
 
 		 409 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  32.5 
 
 		 402 aa  108  9.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.55 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  31.8 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  28.45 
 
 		 321 aa  95.9  6e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  30.54 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  79.41 
 
 		 38 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  28.27 
 
 		 1288 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 		 488 aa  56.2  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  27.41 
 
 		 531 aa  55.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 		 533 aa  55.1  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 		 450 aa  54.3  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  28.49 
 
 		 553 aa  54.7  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 		 520 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  28.82 
 
 		 705 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27 
 
 		 479 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.55 
 
 		 473 aa  53.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27 
 
 		 479 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.54 
 
 		 501 aa  53.5  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.37 
 
 		 478 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  26.88 
 
 		 476 aa  52.4  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.99 
 
 		 473 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  23.86 
 
 		 590 aa  52  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 		 528 aa  51.6  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  24.23 
 
 		 490 aa  51.6  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 		 472 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.37 
 
 		 489 aa  50.4  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 533 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 		 475 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 506 aa  50.4  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 		 506 aa  50.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2409  radical SAM domain-containing protein  29.03 
 
 		 495 aa  50.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.523158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 		 506 aa  50.1  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 		 500 aa  49.7  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  31.75 
 
 		 433 aa  49.3  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0756  MiaB-like tRNA modifying enzyme  26.7 
 
 		 404 aa  49.3  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 471 aa  49.7  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26 
 
 		 517 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_14552  predicted protein  25.38 
 
 		 453 aa  48.9  0.00009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.57073  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1087  radical SAM family protein  25.46 
 
 		 311 aa  48.5  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.447962 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  27.33 
 
 		 502 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>