More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4068 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4068  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 633 aa  1305    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0722964  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  30.49 
 
 		 521 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 		 520 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 		 502 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  25.68 
 
 		 555 aa  138  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  28.4 
 
 		 524 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.62 
 
 		 485 aa  133  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.31 
 
 		 441 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 		 441 aa  126  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  27.9 
 
 		 516 aa  120  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.05 
 
 		 470 aa  119  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.76 
 
 		 489 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  23.5 
 
 		 566 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 		 555 aa  111  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  24.59 
 
 		 487 aa  109  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 461 aa  108  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 468 aa  108  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 		 473 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 		 525 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 		 507 aa  105  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 506 aa  104  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  24.89 
 
 		 501 aa  104  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 506 aa  104  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 		 518 aa  103  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.38 
 
 		 618 aa  103  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 506 aa  103  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.68 
 
 		 459 aa  103  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 		 475 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.77 
 
 		 520 aa  101  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 		 488 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  23.53 
 
 		 503 aa  99.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.54 
 
 		 567 aa  97.4  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.84 
 
 		 535 aa  97.4  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.94 
 
 		 548 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  26.09 
 
 		 675 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 		 490 aa  95.1  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  25.98 
 
 		 467 aa  94.4  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 		 556 aa  94.4  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  24.08 
 
 		 612 aa  93.2  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.08 
 
 		 612 aa  93.2  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 		 484 aa  93.2  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  22.8 
 
 		 501 aa  92.8  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 		 533 aa  91.7  4e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  23.8 
 
 		 471 aa  90.5  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.48 
 
 		 473 aa  89.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 		 564 aa  89.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.99 
 
 		 473 aa  90.1  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.85 
 
 		 476 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  30.18 
 
 		 528 aa  89.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  25.76 
 
 		 458 aa  88.6  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 		 450 aa  88.2  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  23.89 
 
 		 501 aa  88.2  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 539 aa  87.4  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 		 520 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  28.3 
 
 		 446 aa  86.3  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.94 
 
 		 529 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.8 
 
 		 476 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  24.88 
 
 		 547 aa  85.9  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.69 
 
 		 600 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  28.51 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 		 474 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.22 
 
 		 580 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  24.08 
 
 		 472 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 		 564 aa  85.1  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  25.56 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  24.61 
 
 		 631 aa  84.7  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  31.9 
 
 		 426 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.55 
 
 		 527 aa  84.3  0.000000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.85 
 
 		 528 aa  84.3  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  26.71 
 
 		 459 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 473 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  25.62 
 
 		 473 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  21 
 
 		 534 aa  83.2  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 503 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  27.81 
 
 		 577 aa  83.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 473 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.46 
 
 		 565 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  27.59 
 
 		 475 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 481 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  26.78 
 
 		 681 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.61 
 
 		 558 aa  82.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  28.08 
 
 		 572 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 481 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 481 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 474 aa  82.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.53 
 
 		 546 aa  82.4  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  24.72 
 
 		 472 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  28.39 
 
 		 573 aa  82  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  26.09 
 
 		 470 aa  82  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.22 
 
 		 546 aa  81.6  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  23.45 
 
 		 499 aa  81.6  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  28.92 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.49 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.92 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  24.49 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.23 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  28.33 
 
 		 439 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 476 aa  79.7  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.91 
 
 		 546 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>