More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0213 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
429 aa  860    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  76.29 
 
 
502 aa  644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  62.09 
 
 
500 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  62.88 
 
 
503 aa  532  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  43.1 
 
 
531 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  31.16 
 
 
716 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  28.32 
 
 
715 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  36.17 
 
 
705 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  28.3 
 
 
732 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
590 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  27.33 
 
 
737 aa  113  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  26.69 
 
 
638 aa  111  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
636 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
634 aa  106  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  27.99 
 
 
635 aa  106  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  27.72 
 
 
707 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 
565 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 
647 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  26.48 
 
 
646 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  25.86 
 
 
644 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 
632 aa  100  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
643 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  26.67 
 
 
658 aa  100  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  30 
 
 
726 aa  99  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 
732 aa  97.8  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
658 aa  97.8  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  26.48 
 
 
642 aa  97.4  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
738 aa  96.7  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 
450 aa  82  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 
474 aa  78.2  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.98 
 
 
459 aa  76.3  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  30.48 
 
 
475 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  25.5 
 
 
1250 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  23.49 
 
 
425 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 
444 aa  71.6  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  30.5 
 
 
520 aa  72  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.84 
 
 
484 aa  70.9  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 
583 aa  70.5  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 
497 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 
441 aa  68.2  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.87 
 
 
441 aa  68.9  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.48 
 
 
535 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.69 
 
 
478 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
520 aa  68.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  26.79 
 
 
460 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 
524 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.88 
 
 
471 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  29.57 
 
 
495 aa  67  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 
459 aa  67  0.0000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.04 
 
 
528 aa  66.6  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 
473 aa  66.6  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.13 
 
 
502 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  27.46 
 
 
462 aa  66.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  22.44 
 
 
462 aa  66.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.39 
 
 
576 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  26.56 
 
 
445 aa  66.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.41 
 
 
451 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  24.52 
 
 
475 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.39 
 
 
576 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.19 
 
 
465 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.65 
 
 
485 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0832  Radical SAM domain protein  24.11 
 
 
527 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.170506 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.71 
 
 
474 aa  65.1  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  24.28 
 
 
501 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.37 
 
 
567 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.75 
 
 
558 aa  64.7  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.61 
 
 
501 aa  64.7  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  32.58 
 
 
424 aa  64.7  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
651 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.13 
 
 
476 aa  64.7  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 
521 aa  64.7  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 
516 aa  64.7  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.13 
 
 
473 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  28.19 
 
 
469 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  22.85 
 
 
473 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  22.85 
 
 
473 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  21.69 
 
 
473 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.23 
 
 
474 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.2 
 
 
534 aa  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.13 
 
 
473 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  25.13 
 
 
473 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
473 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
473 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
473 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  23.77 
 
 
548 aa  63.5  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  24.87 
 
 
473 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
481 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
481 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
503 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
481 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  25.13 
 
 
480 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  24.34 
 
 
476 aa  63.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.34 
 
 
476 aa  63.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25 
 
 
475 aa  63.2  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 
426 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00191  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  28 
 
 
506 aa  62.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.27 
 
 
600 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.58 
 
 
474 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0920  radical SAM domain-containing protein  23.01 
 
 
451 aa  63.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>