More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2378 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  100 
 
 
174 aa  361  4e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  63.22 
 
 
174 aa  248  4e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  57.4 
 
 
173 aa  214  5e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  57.49 
 
 
168 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.23 
 
 
182 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  54.97 
 
 
174 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  54.97 
 
 
174 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.39 
 
 
174 aa  208  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  54.71 
 
 
177 aa  206  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  52.91 
 
 
185 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  54.22 
 
 
189 aa  197  7.999999999999999e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  51.76 
 
 
178 aa  191  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  52.35 
 
 
178 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  48.8 
 
 
194 aa  179  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  51.46 
 
 
170 aa  178  4e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  46.75 
 
 
172 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  49.1 
 
 
168 aa  170  6.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
162 aa  166  2e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  47.85 
 
 
166 aa  160  6e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  44.79 
 
 
165 aa  160  7e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  44.79 
 
 
165 aa  160  7e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  46.47 
 
 
170 aa  160  8.000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  47.56 
 
 
177 aa  160  1e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  44.51 
 
 
166 aa  157  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  46.01 
 
 
164 aa  156  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  46.01 
 
 
164 aa  155  3e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  46.01 
 
 
166 aa  154  4e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  45.4 
 
 
163 aa  151  4e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  41.88 
 
 
163 aa  138  3e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  40.24 
 
 
171 aa  137  4.999999999999999e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  40.57 
 
 
189 aa  134  6.0000000000000005e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  39.89 
 
 
451 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.31 
 
 
522 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  36.78 
 
 
456 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.84 
 
 
521 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.84 
 
 
521 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.79 
 
 
515 aa  124  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.35 
 
 
521 aa  123  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  45.08 
 
 
521 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  38.95 
 
 
225 aa  123  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.9 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  37.85 
 
 
201 aa  122  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  44.62 
 
 
166 aa  122  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  44.35 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.52 
 
 
419 aa  121  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  41.13 
 
 
521 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
521 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.8 
 
 
517 aa  120  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  38.37 
 
 
228 aa  120  7e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.98 
 
 
521 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  44.44 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0725  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.31 
 
 
495 aa  119  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  43.8 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.09 
 
 
523 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  42.74 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.08 
 
 
748 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  42.54 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  42.55 
 
 
945 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.35 
 
 
521 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.53 
 
 
520 aa  119  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  41.94 
 
 
521 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.8 
 
 
516 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1353  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  42.15 
 
 
521 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.52 
 
 
522 aa  117  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.94 
 
 
521 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.28 
 
 
523 aa  117  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.32 
 
 
521 aa  117  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
534 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  40.88 
 
 
520 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  40.8 
 
 
521 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  44.92 
 
 
529 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  37.57 
 
 
208 aa  115  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1291  PAS sensor protein  40.3 
 
 
184 aa  115  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  40.8 
 
 
521 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  43.26 
 
 
565 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3404  methyl-accepting chemotaxis protein  39.13 
 
 
522 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.67 
 
 
556 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  44 
 
 
164 aa  115  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  45.16 
 
 
127 aa  114  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.55 
 
 
566 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3519  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.81 
 
 
514 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  42.52 
 
 
1214 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3527  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.98 
 
 
506 aa  112  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.538358 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1150  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.24 
 
 
522 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.42 
 
 
523 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.46 
 
 
561 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.16 
 
 
522 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.82 
 
 
522 aa  112  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.16 
 
 
522 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1684  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.47 
 
 
525 aa  111  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.48 
 
 
527 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  39.13 
 
 
716 aa  111  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.85 
 
 
543 aa  111  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.03 
 
 
716 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1220  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.24 
 
 
522 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40 
 
 
524 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0553  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.53 
 
 
888 aa  110  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0618  methyl-accepting chemotaxis protein  40.94 
 
 
583 aa  110  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.84 
 
 
522 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.160306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  43.28 
 
 
549 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>