235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3993 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  44.76 
 
 
867 aa  654  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  44.58 
 
 
864 aa  636  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  100 
 
 
877 aa  1738  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  43.02 
 
 
870 aa  674  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  61.9 
 
 
866 aa  942  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  100 
 
 
877 aa  1738  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  46.83 
 
 
869 aa  689  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  44.43 
 
 
867 aa  656  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2033  transmembrane protein, LpiA-like  46.25 
 
 
850 aa  649  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.358436  normal  0.36986 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  46.49 
 
 
875 aa  682  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  87.8 
 
 
883 aa  1464  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2233  protein of unknown function DUF470  46.96 
 
 
864 aa  635  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  45.18 
 
 
864 aa  629  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  43.14 
 
 
864 aa  629  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4498  hypothetical protein  44.29 
 
 
889 aa  619  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5804  hypothetical protein  44.29 
 
 
889 aa  618  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3871  hypothetical protein  44.29 
 
 
889 aa  619  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  41.09 
 
 
871 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  40.98 
 
 
871 aa  606  1e-172  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3932  hypothetical protein  43.93 
 
 
864 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57988  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4396  hypothetical protein  43.56 
 
 
864 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195504  decreased coverage  0.0070818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  42.72 
 
 
880 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  40.58 
 
 
880 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  40.8 
 
 
880 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1194  hypothetical protein  40.54 
 
 
879 aa  538  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.685135  normal  0.0802635 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  41.67 
 
 
880 aa  539  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1231  hypothetical protein  41.75 
 
 
880 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0755535  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1202  hypothetical protein  41.75 
 
 
880 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  35.84 
 
 
881 aa  521  1e-146  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52350  hypothetical protein  41.94 
 
 
881 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.890769 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  42.7 
 
 
855 aa  506  1e-142  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  38.88 
 
 
872 aa  502  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4591  hypothetical protein  40.89 
 
 
881 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  38.92 
 
 
877 aa  498  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  42.18 
 
 
864 aa  496  1e-138  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  38.3 
 
 
880 aa  492  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  38.3 
 
 
880 aa  492  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  42.55 
 
 
844 aa  489  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  37.39 
 
 
872 aa  478  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  42.3 
 
 
844 aa  479  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  36.14 
 
 
863 aa  471  1e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  35.78 
 
 
863 aa  468  1e-130  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  38.32 
 
 
854 aa  459  1e-128  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18850  hypothetical protein  40.82 
 
 
876 aa  455  1e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.11879  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2930  protein of unknown function DUF470  38.54 
 
 
854 aa  443  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.58792  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  30.99 
 
 
813 aa  438  1e-121  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  34.29 
 
 
850 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.74946e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  33.93 
 
 
850 aa  435  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  34.05 
 
 
850 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  33.73 
 
 
850 aa  407  1e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  36.97 
 
 
850 aa  404  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  33.37 
 
 
850 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  33.49 
 
 
850 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  33.02 
 
 
850 aa  399  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  37.11 
 
 
739 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  34.68 
 
 
896 aa  369  1e-100  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1448  hypothetical protein  39.29 
 
 
557 aa  347  4e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0328641 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1140  hypothetical protein  45.82 
 
 
429 aa  298  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3825  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  27.69 
 
 
859 aa  280  1e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.41179e-10 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1388  hypothetical protein  27.6 
 
 
861 aa  277  6e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1590  virulence factor MprF  27.13 
 
 
861 aa  276  1e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0815094  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1375  virulence factor MprF  27.67 
 
 
861 aa  276  1e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1486  virulence factor MprF  27.67 
 
 
861 aa  276  1e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.272411  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1558  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  27.56 
 
 
861 aa  275  2e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88659e-07 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1520  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  27.6 
 
 
859 aa  275  2e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1348  hypothetical protein  27.56 
 
 
861 aa  275  2e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1626  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  26.9 
 
 
861 aa  275  2e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1347  hypothetical protein  27.56 
 
 
861 aa  275  3e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4555  hypothetical protein  44.21 
 
 
346 aa  272  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1189  hypothetical protein  27.42 
 
 
858 aa  262  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1456  hypothetical protein  25.19 
 
 
851 aa  257  8e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3199  hypothetical protein  34.03 
 
 
556 aa  251  4e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757676 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1258  hypothetical protein  24.69 
 
 
851 aa  249  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0075337  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1421  hypothetical protein  25.75 
 
 
840 aa  235  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0726685  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1449  hypothetical protein  25.75 
 
 
840 aa  235  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00038982  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0976  protein of unknown function DUF470  32.82 
 
 
556 aa  223  2e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1005  protein of unknown function DUF470  32.82 
 
 
556 aa  223  2e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1564  hypothetical protein  26.98 
 
 
569 aa  220  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.201819  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0824  hypothetical protein  32.5 
 
 
568 aa  212  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.896168  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1845  FmtC domain-containing protein  34.86 
 
 
395 aa  193  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000138078  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0379  lysyl-tRNA synthetase (class II)  25.59 
 
 
844 aa  193  1e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.646345  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1235  lysyl-tRNA synthetase (class II)  24.14 
 
 
851 aa  189  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3190  hypothetical protein  25.45 
 
 
875 aa  188  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1522  hypothetical protein  31.8 
 
 
861 aa  187  6e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  32.58 
 
 
584 aa  187  6e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2131  hypothetical protein  34.55 
 
 
847 aa  176  1e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0930  fmtC protein  32.52 
 
 
840 aa  174  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2438  protein of unknown function DUF470  25.68 
 
 
862 aa  171  5e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.298386  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1066  protein of unknown function DUF470  33.66 
 
 
590 aa  170  1e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0261019  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1489  protein of unknown function DUF470  27.99 
 
 
861 aa  162  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70166  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  35.08 
 
 
516 aa  159  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  26.28 
 
 
692 aa  154  6e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  34.91 
 
 
356 aa  151  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  33.92 
 
 
368 aa  151  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  35.35 
 
 
393 aa  149  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  32.62 
 
 
362 aa  143  1e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  35.92 
 
 
339 aa  139  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  29.67 
 
 
517 aa  136  1e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  6.34893e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  33.98 
 
 
312 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  32.27 
 
 
311 aa  127  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.030051 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>