More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1216 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1216  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 149 aa  303  6e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1125  transcriptional regulator, MarR family  95.3 
 
 		 172 aa  288  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.416342 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1295  putative transcription regulator protein  82.31 
 
 		 147 aa  242  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2022  MarR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 158 aa  150  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2025  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 		 193 aa  145  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.165588 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1388  MarR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 163 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 164 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 163 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 163 aa  130  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 163 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1749  MarR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 164 aa  130  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0321002 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 165 aa  129  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 172 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 171 aa  127  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  43.45 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1513  MarR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 195 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139337  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0048  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 162 aa  104  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0022  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 162 aa  104  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0694337  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0067  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 162 aa  104  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0049  MarR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 162 aa  101  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3230  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 163 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.9526  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0038  MarR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0234  MarR family protein  39.23 
 
 		 177 aa  98.6  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0022  MarR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 178 aa  99  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0022  MarR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278494  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2676  MarR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0699601  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1876  MarR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3504  MarR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5895  putative transcriptional regulator  37.69 
 
 		 156 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68110  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 156 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000624146  normal  0.0136344 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3950  transcriptional regulator, MarR family  37.59 
 
 		 180 aa  97.1  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4487  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  97.1  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000975501  hitchhiker  0.000429514 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  38.76 
 
 		 162 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  37.68 
 
 		 162 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  40.15 
 
 		 178 aa  95.5  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2771  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 163 aa  95.1  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 157 aa  95.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2019  transcriptional regulator, MarR family  37.4 
 
 		 145 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0237275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  36.84 
 
 		 159 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1601  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0021  MarR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 181 aa  91.7  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.487256  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  35.34 
 
 		 162 aa  90.9  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  35.34 
 
 		 162 aa  90.9  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3645  MarR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 160 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.610446  normal  0.0262882 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6203  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 150 aa  89  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187647  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4687  hypothetical protein  35.88 
 
 		 161 aa  88.6  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000161275  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3884  putative transcriptional regulator  34.09 
 
 		 177 aa  88.2  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0264  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 171 aa  87  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000861696 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0259  transcriptional regulator, MarR family  36.36 
 
 		 171 aa  86.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.623858  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3745  MarR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 178 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00569269  normal  0.244623 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4024  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2077  MarR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 157 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3237  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0016294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4023  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.709779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2372  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 157 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0324  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3550  MarR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 157 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2224  MarR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 157 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6917  MarR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  31.11 
 
 		 149 aa  70.1  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4214  transcriptional regulator, MarR family  31.48 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000392908  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06220  transcriptional regulator, MarR family  34.59 
 
 		 169 aa  69.3  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1046  transcriptional regulator, MarR family  32.04 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.965341  hitchhiker  0.00043703 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0747  MarR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4191  transcriptional regulator, MarR family  32.04 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0975535  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4103  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.6454e-44 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3822  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000229198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3912  MarR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0139173  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3991  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00156132  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4303  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0482862  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4150  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00563558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3838  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000189375  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1648  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.602614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5835  transcriptional regulator, MarR family  34.23 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1284  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.155543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  32.54 
 
 		 146 aa  64.7  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2005  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1742  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 149 aa  63.5  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0158  transcriptional regulator, MarR family  30.83 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0107221 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0232  MarR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2561  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 150 aa  62  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0799  MarR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  41.03 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  41.03 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>