More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4310 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 390 aa  782    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  90.26 
 
 		 390 aa  661    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  91.8 
 
 		 390 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  84.53 
 
 		 385 aa  629  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  82.4 
 
 		 385 aa  619  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  67.57 
 
 		 378 aa  485  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  52.16 
 
 		 374 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  48.68 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  50.67 
 
 		 376 aa  372  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  49.19 
 
 		 379 aa  369  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  50 
 
 		 384 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  54.16 
 
 		 378 aa  365  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  50 
 
 		 381 aa  365  1e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  48.15 
 
 		 378 aa  364  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  48.92 
 
 		 384 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  48.92 
 
 		 384 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  51.06 
 
 		 378 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  46.34 
 
 		 387 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  48.66 
 
 		 384 aa  352  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  50.54 
 
 		 378 aa  352  7e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  46.44 
 
 		 388 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  50.8 
 
 		 390 aa  349  4e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  47.89 
 
 		 382 aa  348  9e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  53.8 
 
 		 368 aa  347  2e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  48.92 
 
 		 377 aa  346  5e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  49.19 
 
 		 377 aa  343  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  45.87 
 
 		 378 aa  342  1e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 		 371 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  45.6 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  49.6 
 
 		 691 aa  326  4.0000000000000003e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  44.21 
 
 		 373 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  44.85 
 
 		 373 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  44.21 
 
 		 373 aa  300  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  44.59 
 
 		 373 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  44.59 
 
 		 373 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  44.59 
 
 		 373 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  44.33 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  43.95 
 
 		 373 aa  296  5e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  42.89 
 
 		 373 aa  295  6e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  42.39 
 
 		 371 aa  293  4e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  42.39 
 
 		 367 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  41.71 
 
 		 382 aa  287  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  41.38 
 
 		 375 aa  286  4e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  45.48 
 
 		 370 aa  285  7e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  42.28 
 
 		 365 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  42.51 
 
 		 369 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  41.35 
 
 		 369 aa  280  2e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  43.51 
 
 		 366 aa  279  6e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  41.62 
 
 		 369 aa  277  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  40.78 
 
 		 381 aa  277  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  39.84 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  39.95 
 
 		 366 aa  263  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  38.56 
 
 		 379 aa  256  3e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  39.63 
 
 		 380 aa  252  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  39.25 
 
 		 380 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  34.59 
 
 		 378 aa  249  6e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  34.32 
 
 		 378 aa  248  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  37 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  36.02 
 
 		 376 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  37.23 
 
 		 369 aa  225  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  36.73 
 
 		 370 aa  223  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  36.7 
 
 		 376 aa  217  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  35.71 
 
 		 376 aa  216  7e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  34.39 
 
 		 405 aa  210  4e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  34.5 
 
 		 373 aa  208  1e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  36.27 
 
 		 376 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  34.22 
 
 		 376 aa  206  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  33.96 
 
 		 373 aa  206  4e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  36.04 
 
 		 369 aa  206  5e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  35.5 
 
 		 366 aa  206  5e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  33.51 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.55 
 
 		 377 aa  203  4e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  36 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  33.78 
 
 		 376 aa  199  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  34.56 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  34.39 
 
 		 378 aa  193  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  34.39 
 
 		 378 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  31.9 
 
 		 375 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  33.42 
 
 		 377 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  30.67 
 
 		 377 aa  189  8e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  32.45 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  32.8 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  32.8 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  32.8 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  32.8 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  32.8 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  31.62 
 
 		 372 aa  186  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  33.69 
 
 		 378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  33.25 
 
 		 376 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  32.26 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  31.73 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  33.7 
 
 		 371 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  33.97 
 
 		 375 aa  178  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  32.32 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6564  ABC-2 type transporter  35.58 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  33.51 
 
 		 380 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  28.61 
 
 		 376 aa  174  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  32.45 
 
 		 384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  33.24 
 
 		 377 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  33.24 
 
 		 377 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>