More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3751 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
406 aa  834  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  94.09 
 
 
406 aa  789  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  66.25 
 
 
421 aa  532  1e-150  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  42 
 
 
406 aa  316  4e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.9 
 
 
446 aa  308  8e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  41.75 
 
 
406 aa  308  1e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  41.79 
 
 
407 aa  307  2e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  42 
 
 
457 aa  307  2e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.65 
 
 
446 aa  306  4e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  41.75 
 
 
418 aa  306  5e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.15 
 
 
446 aa  305  9e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  41.75 
 
 
405 aa  303  5e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  41.75 
 
 
405 aa  302  6e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  6.08264e-05  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  41.04 
 
 
405 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.58 
 
 
468 aa  299  8e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  41.23 
 
 
455 aa  295  1e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  39.8 
 
 
452 aa  288  1e-76  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.22 
 
 
449 aa  288  2e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.53 
 
 
445 aa  285  1e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.79 
 
 
443 aa  272  9e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  40.79 
 
 
443 aa  272  9e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  39 
 
 
462 aa  267  2e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  38.16 
 
 
379 aa  253  5e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  38.16 
 
 
379 aa  252  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  37.4 
 
 
380 aa  248  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  37.85 
 
 
380 aa  246  4e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  38.13 
 
 
380 aa  244  2e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  38.42 
 
 
380 aa  244  2e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  35.49 
 
 
463 aa  241  1e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.82 
 
 
380 aa  240  3e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  35.9 
 
 
394 aa  220  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  36.24 
 
 
394 aa  217  3e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  36.24 
 
 
394 aa  217  3e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  36.32 
 
 
400 aa  214  3e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  36.25 
 
 
400 aa  213  5e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  36.51 
 
 
394 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  35.39 
 
 
401 aa  199  1e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  33.51 
 
 
393 aa  197  4e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  35.62 
 
 
405 aa  191  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  34.32 
 
 
400 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  32.72 
 
 
403 aa  183  4e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  33.89 
 
 
402 aa  179  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  34.91 
 
 
399 aa  176  8e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  32.8 
 
 
397 aa  172  8e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  33.68 
 
 
397 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  33.79 
 
 
408 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  33.68 
 
 
397 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  34.57 
 
 
330 aa  169  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  35.75 
 
 
413 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  35.39 
 
 
375 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.07 
 
 
378 aa  112  8e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.24296e-05 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.21 
 
 
387 aa  112  1e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.36 
 
 
370 aa  109  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.53 
 
 
396 aa  103  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  33.14 
 
 
379 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  23.65 
 
 
396 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  7.99674e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  26.71 
 
 
399 aa  96.3  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  32.41 
 
 
419 aa  94.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 
395 aa  94  5e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  30.31 
 
 
423 aa  93.2  6e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 
440 aa  93.2  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  30.97 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  26.22 
 
 
408 aa  90.5  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1123  geranylgeranyl reductase  26.73 
 
 
402 aa  87.8  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 
424 aa  87.4  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.06 
 
 
406 aa  86.7  7e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  24.94 
 
 
391 aa  86.3  9e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0962  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 
399 aa  85.5  2e-15  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  27.03 
 
 
382 aa  85.5  2e-15  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  26.69 
 
 
382 aa  85.5  2e-15  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  28.21 
 
 
381 aa  85.1  2e-15  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  25.36 
 
 
390 aa  84.7  3e-15  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  30 
 
 
341 aa  84.7  3e-15  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  27.03 
 
 
418 aa  84  4e-15  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  31.6 
 
 
363 aa  83.2  8e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  27.14 
 
 
425 aa  82.8  9e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  26.98 
 
 
362 aa  82  2e-14  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  7.05466e-05 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  26.16 
 
 
390 aa  80.9  4e-14  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  26.17 
 
 
391 aa  80.9  4e-14  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  27.62 
 
 
389 aa  80.1  6e-14  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  30.36 
 
 
382 aa  80.1  7e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 
423 aa  79.7  9e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  27.35 
 
 
431 aa  79  1e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  28.44 
 
 
360 aa  79.3  1e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  26.04 
 
 
402 aa  78.2  2e-13  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  30.71 
 
 
434 aa  78.6  2e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 
390 aa  78.6  2e-13  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  26.4 
 
 
396 aa  79  2e-13  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  28.42 
 
 
435 aa  77.8  3e-13  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1945  geranylgeranyl reductase  28.06 
 
 
398 aa  77.8  3e-13  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  30.58 
 
 
445 aa  77.8  3e-13  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  29.57 
 
 
426 aa  77.8  3e-13  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.21 
 
 
376 aa  77.4  4e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  25.91 
 
 
373 aa  77.4  4e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  28.14 
 
 
384 aa  76.6  7e-13  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  25.25 
 
 
398 aa  76.6  8e-13  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  28.24 
 
 
385 aa  76.3  9e-13  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  28.84 
 
 
384 aa  76.3  9e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.25722e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  26.53 
 
 
407 aa  75.9  1e-12  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  27.78 
 
 
374 aa  75.9  1e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>