More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1853 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1853  hypothetical protein  100 
 
 		 337 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  83.68 
 
 		 337 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  81.31 
 
 		 337 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  65.57 
 
 		 341 aa  472  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0482  hypothetical protein  67.72 
 
 		 337 aa  454  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2229  hypothetical protein  66.99 
 
 		 349 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4493  hypothetical protein  65.36 
 
 		 341 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  52.44 
 
 		 333 aa  371  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3051  hypothetical protein  51.3 
 
 		 345 aa  359  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  0.28827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5726  hypothetical protein  45.99 
 
 		 328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00555624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3081  hypothetical protein  42.21 
 
 		 337 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36130  hypothetical protein  42.9 
 
 		 365 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443052 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3098  hypothetical protein  42.86 
 
 		 329 aa  268  8e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49783  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4224  hypothetical protein  42.53 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1220  hypothetical protein  41.04 
 
 		 328 aa  242  7e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216947  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  32.25 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  33.03 
 
 		 330 aa  156  6e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2078  hypothetical protein  28.61 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000784829  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  29.04 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  28.62 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  27.48 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  27.48 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  28.81 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  28.13 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  31.45 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0298  hypothetical protein  29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  29.43 
 
 		 327 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  29.04 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  27.16 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  30.22 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  28.79 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  28.79 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3931  hypothetical protein  28.22 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  28.81 
 
 		 322 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  29.74 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3300  hypothetical protein  29.64 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.659933  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  27.6 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3545  hypothetical protein  32.81 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  27.06 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  24.03 
 
 		 332 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  25 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4354  hypothetical protein  29.52 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110423  normal  0.165755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3516  hypothetical protein  29.55 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000184229  normal  0.0629404 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  28.9 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  32.71 
 
 		 346 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  28.57 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  27.96 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  26.43 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0361  hypothetical protein  27.05 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.662417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  29 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  27.57 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4416  hypothetical protein  25.45 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4413  hypothetical protein  30.82 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112259  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  27.57 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  27.57 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  26.13 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2221  hypothetical protein  29.22 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  25.84 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  26.13 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0620  hypothetical protein  31.54 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  25.57 
 
 		 326 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3196  hypothetical protein  26.25 
 
 		 334 aa  106  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0435858  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4541  hypothetical protein  28.34 
 
 		 330 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  26.36 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5896  hypothetical protein  29.81 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971815  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  28.83 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7081  hypothetical protein  26.89 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  24.62 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.339531 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  26.79 
 
 		 321 aa  105  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  25.57 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4947  extra-cytoplasmic solute receptor  29.36 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  25.81 
 
 		 322 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  26.77 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  25.41 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2123  hypothetical protein  28.7 
 
 		 326 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.176092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0906  hypothetical protein  30.6 
 
 		 328 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  27.83 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1383  hypothetical protein  29.03 
 
 		 325 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3966  hypothetical protein  28.43 
 
 		 325 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  25.24 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2732  hypothetical protein  28.4 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15224  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  25.24 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4344  putative lipoprotein  27.54 
 
 		 325 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0136809  hitchhiker  0.000000000438941 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  24.42 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3899  hypothetical protein  29.23 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.129071  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  25.84 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1404  hypothetical protein  27.06 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  24.7 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2198  hypothetical protein  27.72 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000306315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2849  hypothetical protein  24.9 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.225811  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0726  hypothetical protein  25.41 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  30.04 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1436  hypothetical protein  25.16 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779932  normal  0.517463 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3123  hypothetical protein  29.21 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  26.58 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4232  TctC protein, putative  28.09 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0871  putative lipoprotein  26.91 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0925  putative lipoprotein  26.91 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>