More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3178 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  662    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  78.29 
 
 
304 aa  491  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  73.91 
 
 
327 aa  478  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  73.91 
 
 
325 aa  478  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  75.33 
 
 
333 aa  471  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2114  hypothetical protein  73.81 
 
 
325 aa  444  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00328294 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  61.54 
 
 
322 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  50 
 
 
327 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  49.67 
 
 
331 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  50.67 
 
 
327 aa  325  9e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  47.88 
 
 
330 aa  315  5e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  49.66 
 
 
349 aa  315  6e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  49.66 
 
 
330 aa  315  8e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  49.66 
 
 
330 aa  315  8e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  47.27 
 
 
330 aa  311  7.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  48.61 
 
 
328 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1868  hypothetical protein  47.71 
 
 
330 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3135  hypothetical protein  51.18 
 
 
326 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82433  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  51.03 
 
 
328 aa  308  8e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  48.33 
 
 
336 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  50.17 
 
 
324 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  47.62 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  45.72 
 
 
335 aa  302  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  49.54 
 
 
328 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  45.51 
 
 
328 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  45.39 
 
 
325 aa  300  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  48.83 
 
 
321 aa  298  7e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  44.41 
 
 
333 aa  298  7e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  46.2 
 
 
325 aa  297  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  48.31 
 
 
344 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  46.13 
 
 
325 aa  296  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1908  hypothetical protein  47.02 
 
 
336 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.781517  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  48.12 
 
 
325 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6217  hypothetical protein  50.5 
 
 
322 aa  295  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0641942  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  49.48 
 
 
331 aa  295  7e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  47.57 
 
 
322 aa  295  7e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000467968  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4511  hypothetical protein  47 
 
 
337 aa  295  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  48.05 
 
 
335 aa  295  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  48.49 
 
 
335 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6145  hypothetical protein  45.92 
 
 
332 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  45.65 
 
 
326 aa  292  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  43.89 
 
 
331 aa  291  8e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  48.63 
 
 
314 aa  291  9e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  43.31 
 
 
325 aa  291  9e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  44.51 
 
 
327 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  46.03 
 
 
328 aa  291  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0080  hypothetical protein  44.07 
 
 
343 aa  290  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.141434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  46.98 
 
 
335 aa  290  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  41.93 
 
 
331 aa  289  4e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4214  hypothetical protein  47.65 
 
 
324 aa  289  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  45.7 
 
 
328 aa  289  4e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  41.93 
 
 
331 aa  289  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  44.08 
 
 
335 aa  288  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2796  hypothetical protein  43.54 
 
 
336 aa  288  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  50.65 
 
 
333 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0560  twin-arginine translocation pathway signal  45.68 
 
 
325 aa  286  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  46.63 
 
 
344 aa  286  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  47.27 
 
 
345 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0847  hypothetical protein  49.83 
 
 
331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.318374  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  46.69 
 
 
328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  45.94 
 
 
358 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4073  extra-cytoplasmic solute receptor  45.86 
 
 
332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000509768  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  47.27 
 
 
345 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  47.27 
 
 
318 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  43.48 
 
 
329 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0719  hypothetical protein  47.52 
 
 
326 aa  285  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5751  hypothetical protein  46.56 
 
 
327 aa  285  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0796477  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  47.16 
 
 
339 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  47.89 
 
 
333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0284  hypothetical protein  47.81 
 
 
323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  48.31 
 
 
335 aa  282  5.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1018  twin-arginine translocation pathway signal  45.64 
 
 
328 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4501  extra-cytoplasmic solute receptor  41.9 
 
 
327 aa  281  9e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.034407  normal  0.0507087 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  45.05 
 
 
330 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  45.82 
 
 
324 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4334  twin-arginine translocation pathway signal  45.33 
 
 
335 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  45.82 
 
 
328 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0969  putative lipoprotein  45.79 
 
 
322 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2293  hypothetical protein  45.31 
 
 
320 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000010806  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5105  hypothetical protein  42.99 
 
 
329 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0982  hypothetical protein  47.04 
 
 
328 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160235  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3420  hypothetical protein  44.06 
 
 
320 aa  278  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21089  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5849  hypothetical protein  49.16 
 
 
330 aa  278  9e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2507  hypothetical protein  45.72 
 
 
336 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3798  hypothetical protein  45 
 
 
338 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.366926  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  43.43 
 
 
339 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4286  extra-cytoplasmatic solute receptor  46.13 
 
 
353 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0646  hypothetical protein  41.82 
 
 
334 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1292  hypothetical protein  48.2 
 
 
325 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0982133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0855  hypothetical protein  46.98 
 
 
353 aa  277  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898803 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0843  hypothetical protein  44.27 
 
 
323 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159621  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0843  hypothetical protein  43.71 
 
 
324 aa  277  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593129  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  47.21 
 
 
339 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4526  twin-arginine translocation pathway signal  45.79 
 
 
337 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  45.45 
 
 
360 aa  275  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  43.28 
 
 
318 aa  275  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  42.5 
 
 
356 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4229  twin-arginine translocation pathway signal  43.67 
 
 
335 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.467764  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0265  hypothetical protein  46.44 
 
 
323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4433  extra-cytoplasmic solute receptor  44.2 
 
 
327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.318216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>