103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0081 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0081  hypothetical protein  100 
 
 		 418 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0897  hypothetical protein  58.45 
 
 		 513 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.271555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1549  hypothetical protein  51.24 
 
 		 413 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4899  hypothetical protein  52.11 
 
 		 406 aa  354  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.781459  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4379  protein of unknown function DUF201  27.24 
 
 		 323 aa  86.3  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2618  carbamoylphosphate synthase large subunit (split gene in MJ)-like  23.15 
 
 		 387 aa  80.1  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3002  hypothetical protein  23.68 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3017  hypothetical protein  24.14 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0773038  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3248  hypothetical protein  24.14 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2939  hypothetical protein  23.75 
 
 		 387 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2958  hypothetical protein  25.87 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0760444  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1598  ATP-grasp enzyme-like protein  24.03 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.116073  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3531  hypothetical protein  25.45 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2376  hypothetical protein  27.63 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0668  ATP-grasp protein-like protein  23.9 
 
 		 393 aa  67  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90563  multifunctional pyrimidine biosynthesis protein (PYR1)  25.51 
 
 		 2211 aa  62.8  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0682407 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1972  hypothetical protein  25.77 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002731  carbamoylphosphate synthase large subunit  24 
 
 		 370 aa  57  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0579  ATP-grasp enzyme-like protein  23.74 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0384  ATP-grasp enzyme-like  23.27 
 
 		 346 aa  54.7  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0958371 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2200  ATP-grasp protein-like protein  22.84 
 
 		 390 aa  55.1  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06000  aspartate carbamoyltransferase, putative  24.7 
 
 		 2333 aa  53.5  0.000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00636164  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00565  Protein pyrABCN [Includes Glutamine-dependent carbamoyl-phosphate(EC 6.3.5.5);Aspartate carbamoyltransferase(EC 2.1.3.2)] [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O93937]  23.17 
 
 		 2275 aa  52.8  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2335  hypothetical protein  24.76 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4983  hypothetical protein  21.45 
 
 		 452 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.301738 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2272  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  27.08 
 
 		 1030 aa  52.4  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3856  hypothetical protein  23.59 
 
 		 458 aa  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.930196 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2168  ATP-grasp enzyme-like protein  21.81 
 
 		 411 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.862248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  29.71 
 
 		 309 aa  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0698  protein of unknown function DUF201  21.36 
 
 		 467 aa  52  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0378  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.35 
 
 		 1076 aa  50.8  0.00005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.546328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2484  carbamoyl phosphate synthase-like protein  27.14 
 
 		 354 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.834927  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0798  urea carboxylase  24.43 
 
 		 1208 aa  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.467421  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2536  protein of unknown function DUF201  24.03 
 
 		 359 aa  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.505707  normal  0.139385 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_24195  CPS III, carbamoyl-phosphate synthase mitochindrial precursor  25.13 
 
 		 1463 aa  50.1  0.00008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1929  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  26.09 
 
 		 411 aa  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10083  pyruvate carboxylase  24.28 
 
 		 1150 aa  49.7  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.667166  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0189  hypothetical protein  25.87 
 
 		 391 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1919  hypothetical protein  22.68 
 
 		 284 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.57396 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2070  carbamoyl phosphate synthase large subunit  26.19 
 
 		 1029 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4883  allophanate hydrolase subunit 2  26.84 
 
 		 1233 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104085  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1384  Urea amidolyase-related protein  25 
 
 		 1205 aa  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578782  normal  0.0177378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1390  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  30.61 
 
 		 394 aa  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.833755  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2038  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  28.57 
 
 		 1109 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373357 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3204  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  27.56 
 
 		 1042 aa  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610402  normal  0.762296 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6412  3-methylcrotonoyl-CoA carboxylase, alpha subunit  28.57 
 
 		 656 aa  47.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.792756  normal  0.0296411 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1477  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  25.35 
 
 		 1054 aa  47.4  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.438417  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1700  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.32 
 
 		 1496 aa  47.4  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0160  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  29.9 
 
 		 392 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000791072  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1879  carbamoyl phosphate synthase large subunit  27.49 
 
 		 1110 aa  47  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2313  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  27.64 
 
 		 1079 aa  46.6  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.417995  normal  0.014378 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1033  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  26.79 
 
 		 1102 aa  47  0.0007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1063  carbamoyl phosphate synthase large subunit  26.16 
 
 		 1110 aa  46.6  0.0009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0530  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  26.17 
 
 		 1075 aa  45.8  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0632  carbamoyl phosphate synthase large subunit  28.32 
 
 		 1120 aa  46.2  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298922  normal  0.175677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2975  hypothetical protein  21.38 
 
 		 454 aa  46.2  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.155279 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2361  urea amidolyase related protein  25.71 
 
 		 1200 aa  46.2  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05999  carbamoyl-phosphate synthetase, arginine-specific large chain (Eurofung)  24.66 
 
 		 1173 aa  45.4  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1202  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  24.89 
 
 		 1089 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0635  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.29 
 
 		 1076 aa  45.4  0.002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1012  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  24.46 
 
 		 1079 aa  45.1  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0911  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.81 
 
 		 1081 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1360  pyruvate carboxylase  26.47 
 
 		 1147 aa  45.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0615601 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2304  urea carboxylase  24.08 
 
 		 1209 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2130  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  33.04 
 
 		 392 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0143  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.84 
 
 		 392 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_985  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  24.43 
 
 		 1079 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1349  ATP-grasp protein-like protein  30.43 
 
 		 525 aa  45.4  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.971756  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0146  hypothetical protein  22.22 
 
 		 382 aa  44.7  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2815  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  30.34 
 
 		 654 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102576  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  29.88 
 
 		 336 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  29.88 
 
 		 336 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  29.88 
 
 		 338 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0302  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  31.96 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000751651  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0421  hypothetical protein  20 
 
 		 321 aa  44.7  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5228  urea carboxylase  23.56 
 
 		 1203 aa  44.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22630  biotin carboxylase  28.41 
 
 		 333 aa  44.7  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.405302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1516  carbamoyl phosphate synthase large subunit  37.7 
 
 		 1109 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2668  phosphoribosylglycinamide synthetase  28.5 
 
 		 415 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1350  ATP-grasp protein-like protein  29.2 
 
 		 440 aa  44.3  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4600  ATP-grasp protein-like protein  28.57 
 
 		 399 aa  44.7  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.215683  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0818  carbamoyl phosphate synthase large subunit  28.49 
 
 		 1113 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459239  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1724  protein of unknown function DUF201  27.91 
 
 		 401 aa  43.9  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  29.27 
 
 		 330 aa  43.9  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2715  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  26.09 
 
 		 448 aa  43.5  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0856039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4579  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  27.98 
 
 		 453 aa  43.5  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.478686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  29.27 
 
 		 331 aa  43.9  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0099  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.66 
 
 		 951 aa  43.9  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.217171  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  24.66 
 
 		 1164 aa  43.9  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2319  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.85 
 
 		 1056 aa  43.5  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2475  carbamoyl phosphate synthase large subunit  29.2 
 
 		 1109 aa  43.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0559306  normal  0.209365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  29.27 
 
 		 328 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.27 
 
 		 328 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1834  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  32.89 
 
 		 392 aa  43.1  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.272244  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3200  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  27.03 
 
 		 664 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237038  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  29.27 
 
 		 328 aa  43.1  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  29.27 
 
 		 328 aa  43.1  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1096  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  25.84 
 
 		 455 aa  43.1  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.754595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3089  urea carboxylase  22.64 
 
 		 1204 aa  43.1  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.176139  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0124  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25.24 
 
 		 938 aa  43.1  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>