More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4524 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  100 
 
 		 310 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  72.58 
 
 		 304 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  40.51 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  35.97 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  31.48 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  34.22 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  34.22 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  35.43 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  33.89 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.88 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.99 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.22 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  36.12 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.74 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  34.9 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  31 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  31.29 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  33.45 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.46 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  36.13 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  35.4 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  33.44 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  34.06 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  29.83 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  30.9 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  35.57 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  30.67 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  30.84 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.99 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  30.56 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.72 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  34.78 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  34.65 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  36.07 
 
 		 351 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  33.22 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.79 
 
 		 284 aa  142  9.999999999999999e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  33.76 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  36.96 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  34.88 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.07 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  27.88 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  30.03 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.39 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.11 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  34.25 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  33.57 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.07 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  31.33 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.07 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  32.14 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.07 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  34.33 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  31.48 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  33.77 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.97 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  32.08 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.22 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  31.03 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.24 
 
 		 310 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  34.52 
 
 		 329 aa  139  8.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  33.66 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  29.8 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.74 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  34.58 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  32.07 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  34.09 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  30.94 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  33.77 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  34.92 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  34.3 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  32.26 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.7 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.56 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.51 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  34.8 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.51 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  32.8 
 
 		 373 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  27.33 
 
 		 307 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>