More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3048 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 		 303 aa  613  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  82.18 
 
 		 303 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  65.87 
 
 		 310 aa  391  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  64.16 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5630  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231247  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5995  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6486  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 306 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.42 
 
 		 290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.99 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.77 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 359 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 359 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.87 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5420  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  36.11 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 320 aa  169  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.9 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  32.53 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.67 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.9 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  37.41 
 
 		 329 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  32.53 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.18 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.3 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>