More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3840 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  95.29 
 
 
785 aa  1504  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2331  sensor histidine kinase/response regulator  65.89 
 
 
779 aa  962  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  68.62 
 
 
796 aa  1051  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  67.39 
 
 
787 aa  997  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  88.28 
 
 
785 aa  1406  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1782  sensor histidine kinase/response regulator  68.12 
 
 
783 aa  1036  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  99.62 
 
 
785 aa  1586  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  100 
 
 
785 aa  1593  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  61.98 
 
 
772 aa  899  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27550  putative sensor/response regulator hybrid  64.59 
 
 
786 aa  966  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00922112 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  74.74 
 
 
778 aa  1134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 
782 aa  560  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  37.92 
 
 
1014 aa  348  2e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 
921 aa  344  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1949  two component hybrid histidine kinase/sensor response regulator  33.99 
 
 
833 aa  336  9e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.04 
 
 
1202 aa  335  1e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  39.25 
 
 
923 aa  333  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  40.89 
 
 
1177 aa  330  9e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  37.74 
 
 
1346 aa  328  3e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.77 
 
 
977 aa  323  6e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.67 
 
 
916 aa  318  3e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
818 aa  317  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  38.64 
 
 
1287 aa  318  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  37.03 
 
 
1021 aa  316  1e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.6 
 
 
1499 aa  315  2e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.16 
 
 
1363 aa  314  4e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  36.52 
 
 
847 aa  313  7e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 
1284 aa  310  6e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2818  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 
720 aa  310  9e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.215558  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.89 
 
 
818 aa  308  3e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 
758 aa  308  3e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0544  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 
981 aa  307  5e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.811836  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.43 
 
 
1442 aa  306  7e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 
812 aa  305  2e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
1057 aa  305  3e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
833 aa  303  7e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
993 aa  303  8e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
1310 aa  302  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  36.85 
 
 
1765 aa  300  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
1326 aa  298  3e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.26 
 
 
1240 aa  298  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  36.87 
 
 
1763 aa  297  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  36.9 
 
 
727 aa  296  8e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  38.3 
 
 
1030 aa  296  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 
909 aa  296  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
816 aa  296  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 
985 aa  295  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
1316 aa  295  3e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.12 
 
 
1768 aa  295  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  37.88 
 
 
914 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
1550 aa  292  1e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  35.1 
 
 
2035 aa  293  1e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.87 
 
 
705 aa  293  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 
682 aa  292  2e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 
1397 aa  292  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  36.94 
 
 
1331 aa  291  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  38.72 
 
 
918 aa  291  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.15 
 
 
835 aa  291  3e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 
1033 aa  291  4e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  39.49 
 
 
918 aa  290  6e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  35.52 
 
 
1322 aa  290  7e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 
1548 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
1767 aa  288  3e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 
1333 aa  288  3e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.02305e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
1767 aa  288  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
1767 aa  287  5e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
1398 aa  287  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.99 
 
 
914 aa  287  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  38.35 
 
 
977 aa  287  5e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 
1611 aa  287  6e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 
1498 aa  286  8e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  34.66 
 
 
905 aa  285  2e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 
1788 aa  284  4e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 
990 aa  284  5e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4113  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.05 
 
 
801 aa  284  5e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059237 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1118 aa  284  5e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.28 
 
 
1245 aa  283  7e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
1765 aa  283  7e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 
1165 aa  283  9e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.63 
 
 
929 aa  283  9e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.95 
 
 
1126 aa  283  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
1040 aa  283  9e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0136  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.12 
 
 
912 aa  283  9e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  32.06 
 
 
765 aa  283  9e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 
1072 aa  282  1e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.36 
 
 
1480 aa  283  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.63 
 
 
927 aa  282  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.74 
 
 
1131 aa  282  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.69 
 
 
1653 aa  283  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 
918 aa  282  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 
917 aa  282  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3839  histidine kinase  39.29 
 
 
590 aa  281  3e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 
1582 aa  281  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  2.34203e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.2 
 
 
1042 aa  281  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
830 aa  281  3e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
1005 aa  281  4e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02593  hypothetical protein  33.63 
 
 
918 aa  281  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252422  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.23 
 
 
738 aa  281  4e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02631  hybrid sensory histidine kinase, in two-component regulatory system with UvrY  33.63 
 
 
918 aa  281  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228632  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  35.34 
 
 
1109 aa  280  5e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>