More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2760 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  65.78 
 
 		 618 aa  847    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  87.5 
 
 		 618 aa  1122    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4983  Rhs element Vgr protein  60.93 
 
 		 614 aa  798    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  58.28 
 
 		 616 aa  739    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  100 
 
 		 613 aa  1281    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  47.32 
 
 		 661 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  47.32 
 
 		 661 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  47.32 
 
 		 661 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  47.32 
 
 		 661 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  47.01 
 
 		 661 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  47.01 
 
 		 661 aa  595  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  47.47 
 
 		 661 aa  595  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  47.01 
 
 		 661 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  53.32 
 
 		 853 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  52.94 
 
 		 851 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  45.77 
 
 		 703 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  37.91 
 
 		 683 aa  411  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  38.37 
 
 		 683 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  37.04 
 
 		 643 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  37.71 
 
 		 646 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  37.03 
 
 		 689 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  38.7 
 
 		 689 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  38.9 
 
 		 741 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  38.71 
 
 		 741 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0322  Rhs-family protein  35.55 
 
 		 730 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0393811 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3015  Rhs element Vgr protein  36.22 
 
 		 645 aa  378  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  37.92 
 
 		 788 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  37.57 
 
 		 748 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  36.05 
 
 		 756 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  36.9 
 
 		 907 aa  373  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2047  Rhs element Vgr protein  37.54 
 
 		 572 aa  372  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  37.08 
 
 		 774 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  37.37 
 
 		 755 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  38.39 
 
 		 730 aa  372  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  34.84 
 
 		 741 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  36.94 
 
 		 777 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  36.76 
 
 		 778 aa  365  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0310  Rhs family protein  35.18 
 
 		 729 aa  365  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261642  normal  0.473286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  36.76 
 
 		 794 aa  363  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2865  type VI secretion system Vgr family protein  37.89 
 
 		 780 aa  363  4e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0410  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 		 734 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.447319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 		 734 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 		 734 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 		 734 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 		 734 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 		 734 aa  363  6e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  36.96 
 
 		 771 aa  362  8e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0319  Rhs family protein  35.02 
 
 		 729 aa  362  8e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.946115  normal  0.027027 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  38.15 
 
 		 731 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  38.15 
 
 		 731 aa  360  4e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  37.27 
 
 		 875 aa  360  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0329  Rhs family protein  34.72 
 
 		 743 aa  360  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312709  normal  0.985789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3783  Rhs element Vgr protein  35.47 
 
 		 785 aa  358  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.757692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  37.08 
 
 		 869 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  37.08 
 
 		 871 aa  357  3.9999999999999996e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2808  Rhs element Vgr protein  38.92 
 
 		 734 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1581  Rhs element Vgr protein  35.93 
 
 		 757 aa  351  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  35.73 
 
 		 687 aa  349  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0698  type VI secretion system Vgr family protein  34.4 
 
 		 792 aa  347  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1173  Rhs element Vgr protein  38.54 
 
 		 734 aa  347  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00004  Rhs element Vgr protein, putative  33.66 
 
 		 748 aa  347  5e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  34.42 
 
 		 796 aa  339  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0251  Rhs element Vgr protein  37.43 
 
 		 775 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.628249  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1901  Rhs element Vgr protein  37.43 
 
 		 775 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1703  Rhs element Vgr protein  37.43 
 
 		 775 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0912  Rhs element Vgr protein  37.43 
 
 		 775 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1199  Rhs element Vgr protein  37.43 
 
 		 775 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2174  Rhs element Vgr protein  37.43 
 
 		 775 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  33.54 
 
 		 754 aa  336  5.999999999999999e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  36.05 
 
 		 794 aa  336  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  35.71 
 
 		 712 aa  336  7e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0342  Rhs element Vgr protein  37.24 
 
 		 775 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.795549  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  35.09 
 
 		 724 aa  336  9e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  33.5 
 
 		 735 aa  331  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  34.29 
 
 		 1981 aa  331  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  36.35 
 
 		 886 aa  330  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  33.28 
 
 		 714 aa  330  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  32.66 
 
 		 618 aa  330  4e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2014  type VI secretion system Vgr family protein  35.08 
 
 		 753 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.758033  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  36.87 
 
 		 697 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4187  Rhs element Vgr protein  32.5 
 
 		 769 aa  327  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  34.93 
 
 		 901 aa  325  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0497  Rhs element Vgr protein  34.79 
 
 		 841 aa  324  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  32.67 
 
 		 692 aa  325  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2840  Rhs element Vgr protein  35.2 
 
 		 838 aa  323  4e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.363054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3347  Rhs element Vgr protein  34.86 
 
 		 841 aa  323  5e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.57735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  32.34 
 
 		 692 aa  323  5e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0481  Rhs element Vgr protein  34.86 
 
 		 841 aa  323  6e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  35.84 
 
 		 767 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2357  type VI secretion system Vgr family protein  32.22 
 
 		 619 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116837 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  37.15 
 
 		 709 aa  320  3e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  33.61 
 
 		 669 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1281  Rhs element Vgr protein  33.66 
 
 		 676 aa  320  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  35.84 
 
 		 767 aa  320  6e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  34.93 
 
 		 975 aa  319  9e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  33.81 
 
 		 754 aa  319  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6682  type VI secretion system Vgr family protein  31.35 
 
 		 1057 aa  318  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  30.8 
 
 		 1048 aa  318  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00256  Rhs-family protein  32.54 
 
 		 645 aa  317  3e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  33.99 
 
 		 910 aa  317  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>