279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3710 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  71.35 
 
 		 525 aa  718    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  71.06 
 
 		 530 aa  723    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  71.35 
 
 		 525 aa  719    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  66.17 
 
 		 526 aa  687    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  69.66 
 
 		 530 aa  731    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  85.22 
 
 		 515 aa  909    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 521 aa  1065    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  70.04 
 
 		 529 aa  710    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  63.69 
 
 		 538 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  56.87 
 
 		 507 aa  533  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.07 
 
 		 536 aa  517  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  52.94 
 
 		 499 aa  478  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  52.77 
 
 		 493 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  52.17 
 
 		 503 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  52.17 
 
 		 503 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  51.71 
 
 		 501 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 		 513 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 		 502 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 		 502 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 		 513 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  50.67 
 
 		 501 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  50.75 
 
 		 501 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  51.62 
 
 		 501 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  50.48 
 
 		 498 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  50.48 
 
 		 498 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 		 502 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  50.66 
 
 		 513 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  50.85 
 
 		 502 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  50.67 
 
 		 501 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  50 
 
 		 513 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  51.82 
 
 		 492 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  50 
 
 		 505 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  50.38 
 
 		 505 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  50.09 
 
 		 503 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  47.71 
 
 		 489 aa  419  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  46.17 
 
 		 478 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  46.56 
 
 		 484 aa  411  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  44.74 
 
 		 488 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  46.46 
 
 		 488 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  42.37 
 
 		 511 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  43.1 
 
 		 497 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  41.9 
 
 		 489 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  42.42 
 
 		 497 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  41.33 
 
 		 497 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  42.26 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  42.31 
 
 		 497 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  42.42 
 
 		 497 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  42.42 
 
 		 497 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  42.07 
 
 		 490 aa  364  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  41.4 
 
 		 507 aa  363  3e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  42.18 
 
 		 478 aa  363  4e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  42.31 
 
 		 497 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  39.52 
 
 		 505 aa  360  5e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  42.42 
 
 		 489 aa  360  5e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  41.94 
 
 		 477 aa  359  6e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  42.37 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  41.25 
 
 		 493 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  42.37 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  42.37 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  42.37 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.75 
 
 		 477 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  42.32 
 
 		 502 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  41.98 
 
 		 477 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  42.18 
 
 		 477 aa  357  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 487 aa  356  6.999999999999999e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  41.06 
 
 		 497 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  39.89 
 
 		 493 aa  355  1e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  40.8 
 
 		 482 aa  355  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  42.47 
 
 		 488 aa  355  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  41.14 
 
 		 497 aa  355  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  41.06 
 
 		 511 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  41.75 
 
 		 477 aa  353  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  41.75 
 
 		 477 aa  353  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  41.75 
 
 		 477 aa  353  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  40.54 
 
 		 477 aa  351  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.09 
 
 		 505 aa  350  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  39.2 
 
 		 508 aa  349  7e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  40.91 
 
 		 500 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.55 
 
 		 497 aa  347  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  40.73 
 
 		 477 aa  347  3e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  40.54 
 
 		 477 aa  346  5e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.01 
 
 		 491 aa  345  8e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  38.88 
 
 		 475 aa  344  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.88 
 
 		 475 aa  344  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  41.31 
 
 		 500 aa  342  7e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  41.31 
 
 		 500 aa  342  7e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  39.39 
 
 		 487 aa  342  1e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  40.84 
 
 		 493 aa  340  5e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.54 
 
 		 497 aa  340  5e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  39.62 
 
 		 494 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  38.62 
 
 		 489 aa  335  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  40.42 
 
 		 497 aa  335  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 492 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>