More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2179 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  78.19 
 
 
472 aa  635  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
462 aa  899  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  75.49 
 
 
465 aa  691  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.89 
 
 
471 aa  676  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  74.03 
 
 
473 aa  689  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  78.98 
 
 
472 aa  635  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  75.11 
 
 
465 aa  683  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75.11 
 
 
471 aa  678  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75.59 
 
 
471 aa  671  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  74.89 
 
 
471 aa  676  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.13 
 
 
482 aa  400  1e-110  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.81 
 
 
473 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  41.65 
 
 
470 aa  305  1e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.67 
 
 
460 aa  291  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  41.29 
 
 
480 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  41.07 
 
 
487 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  39.31 
 
 
503 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  38.09 
 
 
479 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.15 
 
 
494 aa  270  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.98 
 
 
507 aa  268  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.51 
 
 
503 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.51 
 
 
503 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  37.79 
 
 
479 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.51 
 
 
503 aa  266  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  41.09 
 
 
499 aa  263  5e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.77 
 
 
497 aa  263  5e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.23 
 
 
496 aa  260  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.703187  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  35.37 
 
 
512 aa  259  5e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.75 
 
 
502 aa  256  5e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.2 
 
 
477 aa  255  1e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.96 
 
 
491 aa  254  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.7 
 
 
493 aa  251  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  37.78 
 
 
479 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000656  putative outer membrane protein  34.35 
 
 
500 aa  251  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3212  putative outer membrane protein  34.08 
 
 
494 aa  248  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.24 
 
 
520 aa  247  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  34.76 
 
 
479 aa  246  4e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  34.76 
 
 
489 aa  246  5e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  35.18 
 
 
496 aa  243  4e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.39 
 
 
483 aa  243  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.93 
 
 
486 aa  242  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.68 
 
 
495 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.44 
 
 
529 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
495 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.36 
 
 
531 aa  239  5e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.9 
 
 
483 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.82 
 
 
495 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.82 
 
 
489 aa  236  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
483 aa  234  2e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.67 
 
 
511 aa  234  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.42 
 
 
504 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  35.67 
 
 
511 aa  233  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.53 
 
 
512 aa  233  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.1 
 
 
494 aa  232  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  1.21747e-09 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.3 
 
 
514 aa  231  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.5 
 
 
483 aa  230  4e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.98 
 
 
499 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.99 
 
 
479 aa  230  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.1 
 
 
509 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.57 
 
 
484 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.05 
 
 
488 aa  229  9e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
499 aa  229  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  33.05 
 
 
477 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.06 
 
 
482 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.7 
 
 
470 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
499 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1918  outer membrane efflux protein  34.75 
 
 
489 aa  228  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.812724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.24 
 
 
547 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.35 
 
 
484 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.88 
 
 
500 aa  227  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
525 aa  227  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.81 
 
 
569 aa  227  4e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.33 
 
 
489 aa  226  5e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.308485  normal  0.0233457 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.48 
 
 
541 aa  226  6e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1863  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.33 
 
 
489 aa  226  8e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0805796 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.15 
 
 
512 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.7 
 
 
493 aa  225  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.98 
 
 
493 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.86 
 
 
495 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.86 
 
 
495 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.86 
 
 
495 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.77 
 
 
508 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.51 
 
 
517 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  36.25 
 
 
491 aa  223  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.58 
 
 
495 aa  222  8e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.76 
 
 
501 aa  222  1e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
518 aa  221  2e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.7 
 
 
558 aa  220  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
473 aa  220  4e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.31 
 
 
501 aa  220  4e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.24 
 
 
502 aa  220  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.89 
 
 
485 aa  219  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.19 
 
 
532 aa  216  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.56 
 
 
517 aa  216  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
490 aa  216  6e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  34.63 
 
 
510 aa  216  6e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  35.5 
 
 
486 aa  216  9e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5590  NodT family outer membrane lipoprotein  34.97 
 
 
485 aa  215  1e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.84 
 
 
512 aa  215  1e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.34 
 
 
517 aa  216  1e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>