76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1157 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  100 
 
 
279 aa  577  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  48.2 
 
 
295 aa  297  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  49.6 
 
 
283 aa  278  9e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50.19 
 
 
279 aa  275  4e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  44.36 
 
 
306 aa  270  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  48.55 
 
 
302 aa  268  9e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  48.19 
 
 
302 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  48.41 
 
 
304 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  52.8 
 
 
288 aa  265  9e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  46.89 
 
 
282 aa  263  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  48.7 
 
 
315 aa  260  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  49.07 
 
 
309 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  48.87 
 
 
315 aa  259  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  47.52 
 
 
291 aa  259  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  44.4 
 
 
306 aa  259  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  46.34 
 
 
337 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  48.7 
 
 
315 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  46.04 
 
 
311 aa  258  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  49.41 
 
 
270 aa  258  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  45.85 
 
 
298 aa  256  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  43.88 
 
 
279 aa  256  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  45.31 
 
 
298 aa  254  9e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  42.86 
 
 
295 aa  254  1e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  42.09 
 
 
281 aa  247  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  45.28 
 
 
282 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  46.88 
 
 
309 aa  244  1e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  46.48 
 
 
292 aa  244  2e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  46.8 
 
 
281 aa  243  2e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.65 
 
 
317 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  41.52 
 
 
279 aa  237  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  41.54 
 
 
284 aa  235  5e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  42.41 
 
 
303 aa  232  6e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  43.19 
 
 
290 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  42.09 
 
 
275 aa  230  2e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  40.7 
 
 
375 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  38.52 
 
 
312 aa  224  1e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  40.7 
 
 
326 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  40.73 
 
 
272 aa  223  3e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  39.72 
 
 
282 aa  210  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  39.64 
 
 
282 aa  209  6e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  40.15 
 
 
269 aa  208  8e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  39.29 
 
 
282 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  41.8 
 
 
271 aa  204  9e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  39.34 
 
 
272 aa  204  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  39.68 
 
 
266 aa  203  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  40.08 
 
 
302 aa  199  3e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  37.89 
 
 
275 aa  193  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  39.31 
 
 
282 aa  186  4e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  29.59 
 
 
847 aa  63.5  3e-09  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 
437 aa  61.6  2e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.12 
 
 
588 aa  60.1  3e-08  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  29.85 
 
 
437 aa  60.1  4e-08  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  23.75 
 
 
306 aa  59.7  5e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE00160  expressed protein  29.2 
 
 
674 aa  58.2  1e-07  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.377444  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  30.4 
 
 
412 aa  58.2  1e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  28.36 
 
 
437 aa  57.8  2e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  26.01 
 
 
432 aa  55.8  7e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  37.84 
 
 
831 aa  54.7  2e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  36.26 
 
 
845 aa  53.9  3e-06  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  26.21 
 
 
833 aa  51.2  2e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  24.07 
 
 
321 aa  50.1  4e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  27.13 
 
 
828 aa  50.1  5e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  28.06 
 
 
719 aa  49.3  7e-05  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  28.49 
 
 
644 aa  47.4  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.62 
 
 
864 aa  46.6  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.05 
 
 
601 aa  46.6  0.0004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  25.69 
 
 
825 aa  46.6  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  26.36 
 
 
816 aa  46.6  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  26.24 
 
 
833 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  25.2 
 
 
843 aa  45.8  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.59 
 
 
797 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  27.48 
 
 
803 aa  44.3  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  27.34 
 
 
833 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  24.53 
 
 
927 aa  43.5  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.8 
 
 
567 aa  42.7  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  27.87 
 
 
927 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0510863 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>