More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5041 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  100 
 
 
331 aa  676  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  56.55 
 
 
327 aa  360  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  54.83 
 
 
332 aa  354  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  54.11 
 
 
330 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  53.48 
 
 
330 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  53.8 
 
 
338 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  49.24 
 
 
341 aa  330  3e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 
326 aa  321  1e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  48.58 
 
 
344 aa  307  2e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 
343 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  48.04 
 
 
285 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.23 
 
 
337 aa  220  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 
333 aa  219  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  36.1 
 
 
320 aa  214  1e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 
314 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.61 
 
 
325 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  39.53 
 
 
361 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  40.27 
 
 
334 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 
330 aa  175  1e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  36.01 
 
 
355 aa  175  1e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  40.71 
 
 
347 aa  174  2e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  38.94 
 
 
334 aa  173  3e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  38.94 
 
 
334 aa  173  4e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 
306 aa  172  7e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  40.97 
 
 
345 aa  172  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 
336 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  38.5 
 
 
331 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  37.14 
 
 
334 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 
324 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  37.55 
 
 
340 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.73 
 
 
329 aa  167  3e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 
299 aa  166  7e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  37.55 
 
 
330 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  30.45 
 
 
336 aa  165  1e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.77 
 
 
321 aa  164  2e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 
328 aa  164  2e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  34.07 
 
 
324 aa  163  4e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.99 
 
 
332 aa  162  5e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  27.99 
 
 
320 aa  162  8e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 
324 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  38.79 
 
 
322 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  33.92 
 
 
338 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.06 
 
 
324 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
332 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.43 
 
 
326 aa  161  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 
322 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 
339 aa  161  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  32.02 
 
 
349 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  38.96 
 
 
329 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 
326 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  35.84 
 
 
335 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 
326 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 
316 aa  156  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.71 
 
 
327 aa  156  5e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  38.46 
 
 
333 aa  156  5e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 
326 aa  156  5e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 
338 aa  155  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  32.09 
 
 
319 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.44 
 
 
336 aa  155  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  35.29 
 
 
330 aa  154  3e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  31.8 
 
 
321 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 
322 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.42 
 
 
325 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.01 
 
 
327 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 
344 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  39.47 
 
 
313 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 
329 aa  149  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  37.05 
 
 
333 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 
324 aa  147  2e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 
324 aa  147  2e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  32.51 
 
 
323 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  31.78 
 
 
334 aa  146  4e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 
328 aa  146  4e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 
324 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  34.3 
 
 
313 aa  145  8e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 
351 aa  145  8e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.14 
 
 
319 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  36.4 
 
 
331 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 
333 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 
358 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  32.01 
 
 
321 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 
322 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 
338 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  36.12 
 
 
331 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 
328 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 
332 aa  143  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  28.63 
 
 
326 aa  143  5e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 
322 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6340  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 
326 aa  142  7e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000351976 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4080  transcriptional regulator  37.77 
 
 
348 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  30.72 
 
 
333 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 
387 aa  142  1e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  31.78 
 
 
312 aa  142  1e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 
346 aa  141  1e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 
346 aa  140  2e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 
331 aa  140  2e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  34.93 
 
 
369 aa  140  2e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 
346 aa  140  2e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 
346 aa  140  2e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 
320 aa  141  2e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>