157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2197 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  100 
 
 		 289 aa  580  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  69.26 
 
 		 284 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  65.41 
 
 		 292 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  67.6 
 
 		 286 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  68.51 
 
 		 290 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  63.39 
 
 		 295 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  62.96 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  62.29 
 
 		 295 aa  348  6e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  67.04 
 
 		 286 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  63.7 
 
 		 281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  61.42 
 
 		 286 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  35 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  30.88 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  28.77 
 
 		 281 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  28.77 
 
 		 281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  29.11 
 
 		 281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  29.11 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  42.57 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  31.42 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  30.14 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  43.26 
 
 		 224 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  29.79 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  30.14 
 
 		 280 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  40.82 
 
 		 281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  38.96 
 
 		 278 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  42.34 
 
 		 280 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  37.66 
 
 		 278 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  39.58 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  32.14 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  40.69 
 
 		 276 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  31.83 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  37.77 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  40.29 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  40.29 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  33.47 
 
 		 276 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  28.86 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  29.7 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  31.78 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  28.32 
 
 		 277 aa  99  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  39.6 
 
 		 278 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  39.6 
 
 		 259 aa  97.8  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  39.6 
 
 		 278 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  39.35 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  27.97 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  28.63 
 
 		 287 aa  95.9  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  30.29 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  41.84 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  38 
 
 		 280 aa  89.4  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  31.1 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  26.22 
 
 		 486 aa  70.1  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  32.17 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  35.17 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  26.25 
 
 		 487 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  26.25 
 
 		 487 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  34.67 
 
 		 541 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.56 
 
 		 371 aa  62.8  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  28.86 
 
 		 519 aa  62.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  27.68 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  29.17 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  31.16 
 
 		 569 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  30.43 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  31.03 
 
 		 365 aa  59.3  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  26.8 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3651  Rhomboid family protein  36.88 
 
 		 747 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.015996 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.29 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  27.34 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  27.34 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  32.35 
 
 		 327 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.29 
 
 		 342 aa  57.4  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  37.5 
 
 		 389 aa  55.8  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  28.77 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  29.88 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  27.64 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  31.41 
 
 		 190 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  31.41 
 
 		 430 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  29.45 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  30.28 
 
 		 283 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  26.71 
 
 		 227 aa  53.9  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  32 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  34.18 
 
 		 225 aa  52.8  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5062  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 190 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  29.11 
 
 		 190 aa  52.4  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  29.11 
 
 		 190 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  29.82 
 
 		 511 aa  52.4  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  27.41 
 
 		 523 aa  52.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>